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Aula 01 – Ácidos nucleicos, genes e genomas O que são ácidos nucleicos? São polinucleotídeos de ocorrência biológica onde as unidades (nucleotídeos) estão ligadas a uma sequência específica por ligações fosfodiéster (Lehninger). São longos polímeros que levam informações sob uma forma que pode ser transmitida de uma geração para a seguinte. São macromoléculas constituídas de um grande número de nucleotídeos ligados, cada um composto de uma pentose, um fosfato e uma base nitrogenada (nucleobase) (Stryer). Os nucleotídeos apresentam três componentes característicos: (1) uma base nitrogenada, (2) uma pentose e (3) um ou mais fosfatos (PO4). As bases nitrogenadas são derivadas de dois compostos relacionados, a pirimidina e a purina. O nucleotídeo é a unidade dos ácidos nucleicos. O composto formado apenas pelo açúcar e a base nitrogenada é denominado nucleosídio, e a presença do fosfato no DNA e RNA é importante para a formação do laço diéster. A base de um nucleotídeo é ligada covalentemente (no N-1 das pirimidinas e no N-9 das purinas) por uma ligação N-beta-glicosídica ao carbono 1’ da pentose, e o fosfato é esterificado no carbono 5’. Extremidade 5’ – PO4; Extremidade 3’ – OH. Tanto o DNA quanto o RNA contêm duas bases púricas principais, adenina (A) e guanina (G), e duas pirimídias. No DNA e no RNA, uma das pirimidinas é a citosina (C), mas a segunda pirimidina não é a mesma nos dois: é a timina (T) no DNA e a uracila (U) no RNA. O DNA organiza-se em uma fita dupla, enquanto o RNA é fita simples, podendo assim ser mais comprido e mais estável, e por isso ocorreu a mudança (na vida) de RNA para DNA. O DNA permitiu uma maior complexidade dos seres, possibilitando uma biblioteca genômica maior (mais condições de estocar genes que são mais complexos). Há mais guanina-citosina no DNA porque, uma vez que possuem mais ligações de hidrogênio, são mais estáveis. Os ácidos nucleicos têm dois tipos de pentoses. As recorrentes unidades desoxirribonucleotídicas do DNA e as unidades ribonucleotídicas do RNA, onde a mudança é a presença de um átomo de oxigênio a menos no DNA. É a pentose que define a identidade do ácido nucleico. Embora os nucleotídeos que contêm as principais purinas e pirimidinas sejam os mais comuns, o DNA e o RNA também contêm algumas bases secundárias. No DNA, as mais comuns delas são as formas metiladas das bases principais. Essas bases alteradas muitas vezes apresentam funções na regulação ou na proteção da informação genética. É por essas alterações que a quantidade de pares de base não bate 100%, podendo ter alguns porcentos a mais de citosina do que de guanina, por exemplo. Às vezes, a modificação é tanta que ocorre uma ligação anômala (por exemplo, uma nucleobase vinda da timina ligando-se com uma guanina). Os nucleotídeos consecutivos de ambos DNA e RNA são ligados covalentemente por “pontes” de grupo fosfato, nas quais o grupo 5’-fosfato de uma unidade nucleotídica é ligado ao grupo 3’-hidroxila do próximo nucleotídeo, criando uma ligação fosfodiéster. Estrutura dos ácidos nucleicos O DNA foi inicialmente isolado e caracterizado por Friedrich Miescher em 1868. Ele chamou a substância contentando fósforo de “nucleína”. Até os anos de 1940, com o trabalho de Avery, MacLeod e McCarty, não existia uma evidência convincente de que o DNA fosse o material genético. Avery e seus colegas descobriram que o DNA extraído de uma linhagem virulenta da bactéria Streptococcus pneumoniae e injetado em uma linhagem não virulenta da mesma bactéria transformava a linhagem não virulenta em virulenta. Eles concluíram que o DNA da linhagem virulenta carregava a informação genética para virulência. Então, em 1952, experimentos de Alfred D. Hershey e Martha Chase, que estudaram a infecção de células bacterianas por um bacteriófago, com DNA ou proteína marcados radioativamente, acabaram com qualquer dúvida remanescente de que o DNA, e não a proteína, portava a informação genética. 1. A composição de bases do DNA, em geral, varia de uma espécie para a outra; 2. Amostras de DNA isoladas de diferentes tecidos da mesma espécie têm a mesma composição de bases; 3. A composição de bases de DNA em uma dada espécie não muda com a idade do organismo, seu estado nutricional ou a mudança de ambiente; 4. Em todos os DNAs celulares, independentemente da espécie, o número de resíduos da adenosina é igual ao número de resíduos da timina, e o número de resíduos da guanosina é igual ao número de resíduos de citosina. Dessas correlações, conclui-se que a soma dos resíduos de pirimidina é igual ao à soma de resíduos de purina. Essas relações quantitativas, algumas vezes denominadas “regras de Chargaff”, foram confirmadas por muitos outros pesquisadores. James Watson e Francis Crick contaram com essas informações sobre o DNA para deduzir sua estrutura. O modelo consiste em duas cadeias de DNA helicoidais enroladas em torno do mesmo eixo para formar uma dupla- hélice de orientação à direita. Podem ser formadas três ligações de hidrogênio entre G e C, mas apenas duas entre A e T. O pareamento perfeito das duas fitas cria um sulco maior e um sulco menor na superfície do duplex. Quando Watson e Crick construíram seu modelo, eles tiveram que decidir inicialmente se as fitas de DNA seriam paralelas ou antiparalelas – se suas ligações fosfodiéster 3’-5’ iriam seguir o mesmo sentido ou em sentidos opostos. Uma orientação antiparalela produziu o modelo mais convincente. As duas cadeias polinucleotídicas antiparalelas da dupla-hélice de DNA não são idênticas nem na sua sequência de bases e nem na sua composição. Elas são complementares entre si, ou seja, a base nucleotídica encontrada em uma fita tem seu complementar na outra fita. Estrutura do DNA Em células eucarióticas que não estejam se dividindo e naquelas em interfase, o material cromossômico, a cromatina, é amorfo e se mostra aleatoriamente distribuído em certas partes do núcleo, composto pelo DNA e por proteínas denominadas histonas. O DNA é compactado em vários níveis de enovelamento altamente organizado, com o DNA firmemente ligado a “contas” proteicas (que são complexos de DNA e histona). Essas contas, juntamente com o DNA que as conecta, formam o nucleossomo, que é a unidade fundamental da organização da cromatina. A conta de cada nucleossomo contêm oito moléculas de histonas. Variação estrutural no DNA reflete três aspectos: as diferentes conformações possíveis da desoxirribose, a rotação em torno das ligações contíguas que constituem o esqueleto de fosfodesoxirribose e a rotação livre em torno da ligação C-1’-N-glicosídica. A estrutura de Watson e Crick também é conhecida como forma B do DNA ou B-DNA, e é a estrutura mais estável para uma molécula de DNA de sequência aleatória sob condições fisiológicas normais, sendo, desta forma, o ponto de referência padrão em qualquer estudo das propriedades do DNA. O DNA pode assumir ainda outras duas formas: A-DNA: a molécula de DNA está, nessa forma, voltada para a direita, porém a hélice assume um caráter mais largo. Essa conformação é favorecida em soluções que são relativamente livres de água; Z-DNA: é o desvio mais radical do B-DNA, pois a maior diferença é que esta molécula se encontra voltada para a esquerda, tendo ainda uma aparência mais delgada e alongada. Assume ainda uma aparência de zigue-zague. É formado em sequências de DNA ricas em C/G. Cromossomos O período de vida da célula em que ela não está em processo de divisão é denominado interfase.A cromatina da célula interfásica é uma massa de filamentos chamados de cromossomos. Se pudéssemos separar, um por um, os cromossomos de uma célula interfásica humana, obteríamos 46 filamentos, longos e finos. Na célula que está em processo de divisão, cada cromossomo condensado aparece como um par de bastões unidos em um determinado ponto, o centrômero. De acordo com a posição do centrômero, ele pode ser classificado em metacêntrico, submetacêntrico, acrocêntrico e telocêntrico. O gene é a unidade de informação genética contida em um segmento de DNA, logo, uma sequência de nucleotídeos. O produto final pode ser uma proteína ou um transcrito. A informação biológica está contida no gene e é tornada disponível através da expressão genética, que é altamente regulada. Alguns genes de procariotas estão organizados linearmente sob o controle da mesma região reguladora da transcrição, formando um óperon. Aula 02 – Replicação do DNA Com a descoberta de que o DNA era quem carregava a herança genética e que Watson & Crick deduziram sua estrutura, ficou claro o mecanismo pelo qual o DNA atuava como molde para a replicação e transmissão da informação genética: uma fita é o complemento da outra. As regras estritas do pareamento de bases significam que cada fita fornece um molde para uma nova fita com uma sequência previsível e complementar. Assim, o DNA é capaz de replicar, e sua transcrição leva a produção de moléculas de RNA, que podem ser traduzidas em proteínas. Esse é o dogma central da biologia, proposto por Crick em 1956. Replicação do DNA O mecanismo de replicação do DNA está baseado no pareamento das bases da dupla hélice do DNA. A estrutura do DNA contém a informação necessária para perpetuar sua sequência de bases. Três modelos foram propostos para explicar o mecanismo de replicação do DNA: Descontinua: também chamada de dispersiva, a fita nova teria trechos recém- transcritos e trechos parentais intercalados (hibridização); Conservativa: o resultado da transcrição seria uma fita dupla com DNA totalmente novo em uma das células-filhas, e a outra com as fitas parentais; Semi-conservativa: cada fita de DNA funciona como molde para a síntese de uma nova fita, produzindo duas novas moléculas de DNA, cada qual com uma fita nova e uma fita antiga. Watson e Crick propuseram a hipótese de replicação semiconservativa logo após a publicação de seu artigo de 1953, e a hipótese foi comprovada por Meselson e Stahl em 1957. Eles cultivaram células de E. coli por várias gerações em um meio cuja única fonte de nitrogênio continha o isótopo pesado de nitrogênio (N15). Assim, o DNA dessas bactérias tinha ambas as fitas com N15. A mistura do DNA com nitrogênio pesado e leve pode ser separada por centrifugação. As células de E. coli cultivadas em uma meio de N15 foram transferidas para um novo meio contendo apenas o isótopo leve, em que foram deixadas crescendo até que sua população tivesse dobrado. O DNA das células- filhas era híbrido, com uma nova fita N14 e uma fita parental N15. Esse resultado comprovava a teoria da replicação semi-conservativa, uma vez que as bactérias possuíam uma fita nova e uma parental. Na etapa seguinte do experimento, as células foram colocadas novamente em crescimento, até que seu número dobrasse, no meio com N14. O produto de DNA desse segundo ciclo replicação exibiu duas bandas no gradiente de densidade, um com densidade igual àquela do DNA leva e outra com a densidade do DNA híbrido observada após a primeira duplicação celular. A replicação começa em uma origem (replicon) e segue bidireccionalmente. Geralmente, mais de um replicon se inicia para a replicação do DNA, agilizando o processo. Os replicons vão se estendendo e crescendo lateral e bidireccionalmente. A replicação é um processo coordenado e as fitas parentais são desenroladas e então replicadas simultaneamente. É conhecido como forquilha de replicação o ponto onde o DNA parental se separa e onde se iniciará a síntese de uma nova fita. Uma nova fita é sempre sintetizada na direção 5’-3’. Como as duas fitas de DNA são antiparalelas, a fita que serve de molde (fita líder) é lida a partir da extremidade 3’ em direção à extremidade 5’, produzindo uma fita 5’-3’. Como a outra fita é sua complementar e está na direção inversa, para evitar que a replicação ocorra ao contrário do esperado, essa outra fita (fita retardada) é sintetizada em pequenos pedaços denominados fragmentos de Okazaki. A enzima entra no meio do DNA e o replica ao contrário por um trecho, voltando depois a outro trecho e replicando mais um pedaço. Depois, a DNA- ligase une os fragmentos. Essa necessidade da fita ser sintetizada na mesma direção 5’-3’ é causada pela enzima responsável pelo processo de replicação, as DNA polimerases, que só funcionam nessa direção. Para que as DNA polimerases possam funcionar, elas requerem um molde, que é a própria fita de DNA parental, e um primer. O primer é um segmento de fita (complementar ao molde), sendo geralmente um oligonucleptídeo de RNA e enzimas especializadas (primases) sintetizam-no quando e onde foram requeridos. Todas as DNA-polimerases só podem adicionar nucleotídeos a uma fita preexistente, e por isso a presença do primer é vital. Depois que um pedaço do novo DNA é sintetizado, o primer é retirado do DNA (por ter ribonucleotídeos), a DNA-polimerase então substitui o primer e continua a transcrição. Um sítio ativo de DNA-polimerase tem duas partes: o sítio de inserção, onde o nucleotídeo é inicialmente posicionado para formar a ligação fosfodiéster em seguida e ser posicionado no sítio de pós-inserção. Em seguida a DNA-polimerase se move ao longo do molde e adiciona outro nucleotídeo. O acesso às fitas de DNA que atuam como moldes requer a separação das duas fitas parentais. Isso geralmente é feito pelas helicases, enzimas que se deslocam ao longo do DNA e separam suas fitas, utilizando energia química a partir do ATP. As helicases o fazem por serem capazes de desfazer as ligações de hidrogênio. Elas atuam em conjunto com a topoisomerase, que destorce as fitas para a passagem das helicases. As proteínas ligadoras do DNA se ligam as fitas separadas pela helicase para evitar que elas voltem a se unir. Ação da telomerase Replicar a extremidade da fita atrasada do DNA (região do telômero) é complicado uma vez que polimerase III requer um primer e somente pode alongar a fita a partir do terminal 3’. A não formação do primer de RNA no terminal da fita de DNA geraria uma lacuna não preenchida, o que poderia resultar, a cada ciclo de replicação, em cromátides-filhas muito menores. A telomerase possui um bloco de nucleotídeos e uma fita de RNA, ou seja, é uma proteína mista. A molécula de DNA dela se pareia com o final da fita de DNA atrasada, alongando-a. O primer se liga nesse trecho a mais e a polimerase pode então sintetizar esse último fragmento de Okazaki, que depois é unido ao resto pela ação da DNA-ligase. O problema é que, geralmente, as células possuem pouca telomerase. A perda do telômero é o que leva ao envelhecimento celular e do indivíduo. Células cancerígenas, por outro lado, produzem muito dessa enzima. Aula 04 – Transcrição do DNA O que é transcrição? “É a síntese de RNA a partir de um molde de DNA catalisada pela enzima RNA polimerase. (Stryer)”. “É a síntese de uma fita polinucleotídica de RNA que ocorre sobre um moldede DNA. (Campbell)”. “Processo em que um sistema de enzimas converte a informação genética de um segmento de fita dupla de DNA em um filamento de RNA com uma sequência complementar de bases a uma das fitas do DNA. (Lehninger)”. O fluxo da informação na célula é unidirecional, ou seja, o molde de DNA transcrito numa fita de RNAm e traduzida em um peptídeo não é capaz de fazer o caminho de retorno. Todas as moléculas de RNA, exceto os genomas de RNA de certos vírus, são derivadas de informação permanentemente armazenada no DNA. Durante a transcrição, um sistema de enzimas converte a informação genética de um segmento de fita dupla de DNA em um filamento de RNA com uma sequência de bases complementar a uma das fitas de DNA. Três tipos principais de RNA são produzidos: RNAs mensageiros (RNAm) – codificam a sequência de aminoácidos de um ou mais polipeptídeos especificados por um gene ou conjunto de genes; RNAs transportadores (RNAt) – leem a informação codificadas no RNAm e transferem o aminoácido adequado para uma cadeia polipeptídica em crescimento durante a síntese de proteínas; RNAs ribossomais (RNAr) – são constituintes dos ribossomos, as máquinas celulares intrincadas que sintetizam proteínas. Durante a replicação, o cromossomo inteiro é em geral copiado, mas a transcrição é mais seletiva.. A célula restringe a expressão da informação genética Apenas genes ou grupos de genes particulares são transcritos à formação dos produtos gênicos necessários em determinado momento, ativando e desativando determinados genes. A soma de todas as moléculas de RNA produzidas em uma célula sob um determinado conjunto de condições é chamado de transcriptoma celular, e ele é diferente para cada indivíduo e também de acordo com o tecido, alimentação ou estímulos ambientais. A regulação da transcrição gênica define a adaptação do indivíduo ao meio, embriogênese e diferenciação celular. Transcrição em célula bacteriana vs. em célula eucariota Em uma célula bacteriana, que não apresenta núcleo, o RNAm produzido pela transcrição é imediatamente traduzido, sem processamentos adicionais. Ou seja, a transcrição em procariotos é simultânea à tradução. Já em células eucariotas, o núcleo fornece um compartimento separado para a transcrição. O transcrito original de RNA, chamado de pré-RNAm, é processado de várias formas antes de deixar o núcleo como uma molécula de RNAm. Esse processamento também “protege” as pontas do RNAm para ele não ser degradado por enzimas no citoplasma. A transcrição é seguida pela tradução, mas esses eventos não são simultâneos. Transcrição do RNA A RNA-polimerase dependente de DNA precisa, além de um molde de DNA, de todos os quatro ribonucleosídeos trifosfatos (ATP, GTP, UTP e CTP) como precursores das unidades de nucleotídeos de RNA, bem como de Mg2+. A RNA-polimerase alonga uma fita de RNA ao adicionar unidades de ribonucleotídeos à extremidade hidroxila 3’, construindo o RNA na direção 5’-3’. A RNA-polimerase precisa de DNA para sua atividade e é mais ativa quando ligada a um DNA de fita dupla. Apenas uma das duas fitas serve de molde, e a fita molde de DNA é copiada na direção 3’-5’ (antiparalela à nova fita de RNA), com a adição de nucleotídeos complementares a ela na fita de RNA. Ao contrário da DNA-polimerase, a RNA-polimerase não precisa de um iniciador para a síntese. A iniciação ocorre quando a RNA- polimerase se liga a sequências de DNA específicas chamadas de promotores. A fim de permitir que a RNA- polimerase sintetiza uma fita de RNA complementar a uma das fitas de DNA, a fita dupla de DNA deve se desenrolar em um pequeno trecho, formando uma “bolha” de transcrição. A rotação da fita de DNA é restrita na maioria dos DNAs por proteínas que se ligam ao DNA e outras barreiras estruturais. Como resultado, uma RNA-polimerase em movimento gera ondas de superespirais para a frente (positivas) e para trás da bolha de transcrição (negativas). Na célula, os problemas topológicos causados pela transcrição são aliviados pela ação das topoisomerases. RNA-polimerase de procarioto A RNA-polimerase dependente de DNA da E. coli é um enzima complexa, grande, com cinco subunidades centrais e uma sexta subunidade, de um grupo denominado “ro”, que se liga transitoriamente e direciona a enzima para sítios específicos no DNA. Essas seis subunidades constituam a holoenzima de RNA–polimerase. RNA-polimerase em eucariontes São três diferentes: Fases da transcrição do RNA Fase de iniciação A RNA-polimerase se liga a sequências específicas no DNA chamadas de promotores, onde existe o TATA box, que é uma sequência de DNA 5’- TATAAA-3’ existente na região promotora dos genes de eucariotos. Essa sequência está cerca de 25 a 30 pares de base do sítio de início da transcrição. O TATA box é um tipo de sequência de consenso, já que, embora elas são sejam idênticas em todos os promotores, certos nucleotídeos particularmente comuns são encontrados em sequências específicas que caracterizam aquela sequência como uma promotora. Assim, inicia-se a bolha de transcrição. Fase de alongamento A enzima RNA-polimerase insere ribonucleotídeos no sentido 5’-3’ e constrói uma molécula de RNA. A síntese é progressiva; isso é, a RNA-polimerase irá introduzir um grande número de nucleotídeos em uma molécula de RNA crescente antes de se dissociar. Fase de terminação O encontro com certas sequências de DNA (códon de finalização) resulta no fim da síntese de RNA. A bolha de transcrição acaba e o DNA é reenrolado. A RNA-polimerase se afasta. Processamento do RNA Praticamente todas as moléculas de RNA em eucariontes são processadas em algum grau após a síntese. Várias das enzimas que catalisam essas reações consistem em RNA em vez de proteína, ou seja, são ribozimas. No processo chamado splicing de RNA, os íntrons (trechos não codificantes do RNA) são removidos do transcrito primário e os éxons são ligados para formar uma sequência contínua que especifica um polipeptídeo funcional. As enzimas do splicing se acoplam ao RNA formando o spliceossomo, que é o conjunto dessas enzimas trabalhando para a maturação do RNA, nos seguintes passos: 1. Formação do laço de íntron; 2. Clivagem no sítio 5’; 3. Clivagem no sítio 3’; 4. Ação da ligase na ligação dos éxons. Os RNAm de eucariontes também são modificados em cada extremidade. O pré-RNA (ou RNA heterogêneo nuclear) recebe um resíduo modificado denominado capuz (cap), sendo um resíduo de 7-metil-guanosina-trifosfato na extremidade 5’. Na extremidade 3’, um pedaço dela é clivado antes que se acrescente uma cauda poli-A. Esses dois processos ocorrem antes do splicing. A adição do cap e da cauda poli-A provavelmente ajudam a proteger o RNAm de destruição enzimática. RNA transportador RNA ribossomal Aula 05 – Tradução do RNA e síntese proteica O que é tradução? “É a orientação da sequência dos aminoácidos em uma proteína a partir da sequência de nucleotídeos do RNAm. (Stryer)”. “É o processo de síntese das proteínas no qual a sequência de aminoácidos da proteína reflete a sequência de bases no gene que codifica esta proteína. (Campbell)”. “É o processo total da síntese de proteínas guiada pelo RNAm.” (Lehninger).” Dois avanços foram muito importantes para a descoberta do processo da tradução: 1. A descoberta de que aminoácidos eram capazes de se ligarem ao RNA transportador para formar aminoacil-tRNA, em um processocatalisado pelas enzimas aminoacil- tRNA-sintases. 2. A verificação de que o RNAt “traduz” a sequência nucleotídica de um RNAm na sequência de aminoácidos de um polipeptídeo, ocorrendo a síntese proteica. Um códon é um conjunto de três aminoácidos que codificam um aminoácido específico (ou seja, são 64 combinações possíveis). A tradução ocorre de forma que esses trios são lidos de maneira sucessiva. Um primeiro códon específico na sequência estabelece a fase de leitura, na qual, a cada três resíduos de nucleotídeos, inicia-se um novo códon. Vários códons possuem “funções especiais”. O códon de iniciação AUG é o sinal mais comum para o início de um polipeptídeo em todas as células, além de codificar resíduos de Met nas posições internas dos polipeptídeos. Os códons de parada (UAA, UAG e UGA) geralmente sinalizam o fim da síntese de polipeptídeos e não codificam qualquer aminoácido conhecido. Uma característica intrigante do código genético é que um aminoácido pode ser codificado por mais de um códon, de modo que o código é considerado degenerado (uma tradução mal feita do inglês, não significando que ele é falho). Apesar de um aminoácido possuir um ou mais códons, cada códon codifica apenas um aminoácido, e essa degeneração não é uniforme: enquanto a metionina e o triptofano têm, cada um, apenas um códon, argenina, leucosina e serina possuem seis códons cada. O último nucleotídeo do códon é dito oscilante: se os dois primeiros se repetirem e só o último variar, é possível que esse conjunto todo determine todos o mesmo aminoácido. Em procariotos, um RNAm pode codificar mais que uma proteína, sendo chamada de policistrônico, enquanto RNAm de eucariotos, que codifica apenas uma cadeia polipeptídica, é monocistrônico. O código genético é quase universal, com a exceção intrigante de algumas pequenas variações nas mitocôndrias, em algumas bactérias e em alguns eucariotos unicelulares. Os RNAs transportadores pareiam com códons do RNAm em uma sequência de três bases no RNAt denominada anticódon. Ribossomos Ribossomo 70S: encontrado em procariontes (bactérias) e formado por subunidades 50S e 30S. O sulco que existe entre as duas subunidades é o local onde ocorre a síntese proteica. Possui 3 moléculas de RNAr e 52 moléculas de proteína. Ribossomo 80S: encontrado em eucariontes (leveduras) e formado pelas subunidades 60S e 40S. Apresenta estrutura semelhante ao 70S, porém é mais complexo, mais denso e maior. Contêm mais proteínas e RNA do que o 70S. A síntese proteica ocorre nos ribossomos, que são complexos supramoleculares formados por proteínas e RNAr. Os ribossomos possuem três sítios de interação com o aminoacil-RNAt: Sítio A: recepção do aminoacil-RNAt; Sítio P: tradução gênica e da formação do laço peptídico; Sítio E: liberação do RNAt para citoplasma. RNA transportador Os RNAt correspondem a 10% do RNA total da célula, sendo denominados de adaptadores. Eles se ligam, de modo específico, às bases do RNAm para inserir os aminoácidos durante a síntese proteica. Cada RNAt possui uma estrutura específica, denominada anticódon, que reconhece uma determinada sequência (códon) na molécula de RNAm. O RNAr tem entre 73 e 93 nucleotídeos. O “braço do anticódon” possui um trio de bases (anticódon) que traduz o códon do RNAm durante a síntese proteica, e o “braço do aminoácido” possui a sequência CCA, que se liga ao aminoácido a ser transportado. Após seu processamento, o RNAt precisa ser ativado, passando a ser designado aminoacil- RNAt. Essa ativação dá-se pela ligação de um aminoácido ao terminal 3’, reação com gasto de ATP e mediada pela enzima aminoacil- RNAt-sintetase. Existe um enzima para cada aminoácido, verificando-se que a ativação de diferentes RNAt que transportam o mesmo aminoácido é feito pela mesma enzima (mesmo aminoácido, mesma enzima). Polissomos Um polissomo é definido pelo conjunto de 8 a 20 ribossomos, separados por uma distância de 80 nucleotídeos, que constitui a unidade funcional da síntese proteica. Eles podem ser encontrados livres no citoplasma, para fazerem a síntese de proteínas para uso da própria célula, ou estarem aderidos aos RE, participando da síntese de proteínas para exportação. Em bactérias, a transcrição e a tradução ocorrem simultaneamente no citoplasma. A síntese de proteínas já se inicia durante a transcrição porque os ribossomos (dos polissomos) reconhecem as sequências específicas na extremidade 5’ do RNAm e iniciam a tradução. Sua produção proteica é mais veloz porque células procariotas não precisam fazer processamento do RNAm, somente do RNAt e o RNAr. Síntese de proteínas ETAPA 1: Ativação de aminoácidos. Primeiramente, é preciso, para que a síntese proteica possa ocorrer, que haja primeiro a ativação dos aminoácidos, fazendo sua ligação à molécula adequada de RNAt. Essa reação ocorre no citosol, e não no ribossomo. A ligação é dependente de ATP, e a enzima responsável (aminoacil-sintase) é dependente de Mg2+. Quando ligados ao aminoácido, os RNAt são ditos aminoacilados. Formação do aminoacil-RNAt ETAPA 2: Iniciação. A subunidade menor liga-se primeiro às moléculas de IF-1 e IF-3, nos sítios E e A, respectivamente. O IF-1 impede a ligação prematura do RNAt no sítio A e facilita a atividade do IF-3 e IF-2. O IF-3 liga-se à subunidade 30S para impedir a associação prematura da subunidade 50S, ao mesmo tempo que aumenta a especificidade do sítio P pelo fMet-RNAt (formil-metionina, presente apenas em bactérias, nos humanos é só Met-RNAt mesmo). Após isso, ele pode se ligar ao RNAm. Em seguida, a IF-2 facilita a ligação do fMet-RNAt à subunidade 30S do ribossomo, alocando-o no sítio P (único não ocupado). O IF-2 liga-se ao GTP e à subunidade 30S ajudando na identificação do fMet-RNAt, que forma pares de bases com o códon de iniciação. Quando todo esse complexo é formado, a subunidade 50S pode se associar ao complexo. Para favorecer energia ao processo, a IF-2 hidrolisa o GTP (ATP seria uma molécula muito energética para ser usada, usa-se então o GTP) e então há a dissociação do IF-1, IF-2 e IF-3 do complexo de iniciação 70S. ETAPA 3: Alongamento. O fator de alongamento EF-Tu liga-se ao GTP e depois liga-se ao aminoacil-RNAt, carregando-o ao ribossomo. Energizado, o aminoacil- RNAt liga-se ao sítio A do ribossomo, agora livre com a saída do IF-1. Com a ligação, o fator de alongamento EF-Tu é liberado pelo ribossomo e regenerado em um processo que requer o fator de alongamento EF-Ts e outra molécula de GTP, tornando-se apto para mais uma vez ser usado na síntese proteica. O fMet é então transferido para o novo aminoacil- RNAt, formando dipeptidil-RNAt através de uma ligação peptídica com o aminoácido carregado por esse aminoacil-RNAt, resultando em um RNAt não carregado no sítio P. Esse processo é catalisado pela peptidil-transferase, junto a uma riboenzima do próprio ribossomo, a RNAr 23S. O fator de alongamento EF-G liga-se então a uma molécula de GTP e acopla-se no sítio A para coordenar a translocação do ribossomo. O ribossomo anda um códon no sentido 5’-3’. O movimento do ribossomo ao longo do RNAm transloca o dipeptidil-RNAt do sítio A para o sítio P, um processo que requer a hidrólise do GTP. O RNAt não carregado é translocado para o sítio E e dissocia-se do ribossomo, com o auxílio dos fatores de alongamento EF-G e do GTP, que também foram necessário para que o movimento de translocação ocorresse. ETAPA 4: Terminação. Um sinal de parada (UAG, UGAou UAA) é necessário para a terminação da síntese de proteínas. O códon de parada é reconhecido por um dos fatores de terminação (RF-1, RF- 2 ou RF-3). O fator de terminação liga-se ao sítio A, o que provoca a hidrólise da ligação éster entre o polipeptídeo nascente e o RNAt no sítio P, culminando na liberação do polipeptídeo completo. O RF-1 liga-se ao UAA ou UAG, enquanto que o RF-2 se liga ao UAA ou UGA. O RF-3 não liga em nenhum códon, mas favorece a ação da RF-1 e RF-2, e também auxilia na dissociação das subunidades 30S e 50S. Finalmente, ocorre a dissociação do complexo e o final da síntese proteica. ETAPA 5: Processamento pós- tradução. Após a síntese, os polipeptídeos e proteínas dobram-se nas suas formas ativas tridimensionais, com o auxílio de proteínas especiais conhecidas como “chaperonas” e “chaperoninas”. Muitas proteínas são ainda processadas por reações de modificação pós-traducional para formar síntese de glicoproteínas, lipoproteínas, além da ativação de hormônios e enzimas.