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SISTEMAS BIOLÓGICOS E A QUÍMICA DAS BIOMOLÉCULAS METABOLISMO: conjuntos de todas as reações químicas que ocorrem simultaneamente nos organismos vivo e que permitem obter, armazenar e utilizar energia para realização das funções celulares. REGULAÇÃO: é o processo pelo qual todas as células – a partir de bactérias aos seres humanos – controlam os processos químicos necessários para a vida, de modo a evitar gastos de energia. Geralmente enzimática. BIOLOGIA MOLECULAR: é a área da biologia que busca estudar os organismos do ponto de vista molecular, focando principalmente na base para todos organismos, os ácidos nucleicos, que formam RNAs e DNAs que posteriormente dão origem à proteínas. BIOQUÍMICA E A UNIDADE DA VIDA Objetivos da Bioquímica: Entender o que significa estar vivo a um nível molecular; Estender essa compreensão ao nível do organismo. Ex: Insulina trabalha ao nível molecular – como o organismo controla os níveis de substâncias energéticas em seu sangue. CARACTERÍSTICAS QUÍMICAS COMPARTILHADAS → Composição química: Todos os organismos vivos apresentam determinados tipos de elementos químicos. São eles: carbono, hidrogênio, oxigênio e nitrogênio. Além desses elementos, também encontramos fósforo e enxofre, mas em menor quantidade. → Células: As células são as unidades funcionais e estruturais dos seres vivos, estando presentes em todos os organismos vivos, com exceção dos vírus. De uma maneira simplificada, podemos dizer que as células apresentam membrana plasmática, citoplasma e material genético. Esse material genético pode estar disperso no citoplasma (células procariontes) ou ser delimitado por uma membrana (célula eucariótica). Os organismos formados por apenas uma célula são chamados de unicelulares, e aqueles formados por várias células são chamados de multicelulares. → Material genético: Todos os seres vivos apresentam material genético, o qual é responsável por transmitir as características de um ser vivo para a próxima geração (hereditariedade) e controlar as atividades que serão realizadas pela célula. O material genético é formado por um ou dois tipos de ácidos nucleicos (DNA e RNA). → Metabolismo: Os seres vivos apresentam no interior de seu corpo reações químicas, as quais são necessárias para as mais variadas atividades, como a obtenção de energia. Ao conjunto dessas reações químicas dá-se o nome de metabolismo. Existem reações que estão relacionadas com a síntese ou construção de moléculas, sendo esses processos chamados de anabolismo. Existe ainda o catabolismo, que consiste na destruição de partículas para a liberação de substâncias mais simples. É importante salientar que os vírus não apresentam seu próprio metabolismo e, por isso, devem parasitar uma célula para que possam reproduzir-se. → Nutrição: Os organismos vivos necessitam de energia para a realização de suas atividades, e essa energia é conseguida pela nutrição. Os organismos vivos podem ser divididos, a partir do critério de nutrição, em autotróficos e heterotróficos. Os autotróficos obtêm energia por meio de processos como a fotossíntese, e os heterotróficos obtêm energia a partir da quebra de produtos provenientes de outros seres vivos. De uma maneira simplificada, podemos dizer que os seres autotróficos são capazes de produzir seu próprio alimento, e os heterotróficos, não. Após a nutrição, os organismos realizam reações químicas para que a energia seja obtida e utilizada posteriormente. O processo de produção de energia é chamado de respiração celular. → Reprodução: Os seres vivos são capazes de reproduzir-se, ou seja, produzir descendentes. A reprodução pode ocorrer de forma sexuada ou de maneira assexuada. Na forma sexuada, ocorre o envolvimento de gametas; na assexuada, não. → Capacidade de responder a estímulos: Os seres vivos são capazes de responder a estímulos do meio ambiente, uma propriedade conhecida como irritabilidade. Como exemplo, podemos citar o fechamento dos folíolos da planta sensitiva ao toque ou ainda a fuga de um animal diante de um perigo iminente. → Evolução: Todos os seres vivos estão sujeitos aos processos evolutivos, ou seja, sofrem modificações ao longo do tempo. Um dos fatores que causam a evolução é o surgimento de mutações, modificações que ocorrem na molécula de DNA e levam ao surgimento de novas características em um organismo. Essas modificações podem ser transmitidas aos descendentes. FILOGENIA DOS TRÊS DOMÍNIOS DA VIDA → Domínio Bateria: Primeiro grupo a se diferenciar. Agrupa a maioria dos procariontes unicelulares. O melhor exemplo de indivíduos pertencentes a esta família são as cianobactérias, assim como bactérias gram-positivo e bactérias gram-negativas. → Domínio Archaea: Agrupa procariontes com características bioquímicas distintas e que geralmente habitam regiões com condições extremas. Estes organismos correspondem a procariontes com membranas bastante resistentes (com cadeias ramificadas de hidrocarbonatos ligados ao glicerol por cadeias de éter) que lhes permite sobreviver em ambientes com temperaturas extremas, ou elevadas concentrações de sal. → Domínio Eukaria: O domínio eucariota reúne em si todos os organismos eucariontes que existem. Os membros deste domínio possuem células eucarióticas, sendo que estas possuem membranas semelhantes às bactérias. Os reinos Protista, Fungi, Plantae e Animalia compõem este domínio, tornando-o um dos mais diversos a nível celular. CLASSIFICAÇÃO DOS ORGANISMOS É possível classificar os organismos pela maneira como obtêm a energia e o carbono de que necessitam para sintetizar o material celular. Existem duas categorias amplas com base nas fontes de energia: fototróficos (do grego trophe, “nutrição”), que captam e usam a luz solar, e quimiotróficos, que obtêm sua energia pela oxidação de um combustível químico. Alguns quimiotróficos oxidam combustíveis inorgânicos. Os fototróficos e os quimiotróficos podem ser subdivididos ainda mais: os que podem sintetizar todas as suas biomoléculas diretamente do CO2 (autotróficos) e os que requerem nutrientes orgânicos previamente formados por outros organismos (heterotróficos). Quanto fonte de energia – luz solar ou compostos químicos oxidáveis; Fonte de carbono – síntese do material celular. Os organismos podem ser divididos em duas vastas categorias, segundo suas fontes de energia: 1. Fototróficos: utiliza a luz como fonte e energia Autotrófico: obtém energia a partir da luz solar e CO2 da atmosfera. Heterotrófico: obtém energia a partir da degradação de produtos mais complexos proveniente de outros organismos. 2. Quimiotróicos: Obtém a energia a partir da oxidação de combustíveis. Organotróficos: adquire o carbono por nutrientes orgânicos Litotróficos: adquire o carbono por nutrientes inorgânicos Todas as células dos organismos, desde o mais simples ao mais complexo, compartilham determinadas propriedades fundamentais que podem ser estudadas no nível bioquímico. FUNDAMENTOS CELULARES A unidade e a diversidade dos organismos se tornam aparentes mesmo em nível celular. Os menores organismos consistem em células isoladas e são microscópicos. Os organismos multicelulares maiores têm muitos tipos celulares diferentes, os quais variam em tamanho, forma e função especializada. Apesar dessas diferenças óbvias, todas as células dos organismos, desde o mais simples ao mais complexo, compartilham determinadas propriedades fundamentais, que podem ser vistas em nível bioquímico. As células são as unidades estruturais e funcionais de todos os organismos vivos Células de todos os tipos compartilham algumas características estruturais comuns. A membrana plasmática define o contorno da célula, separando seu conteúdo do ambiente. Ela é composta por moléculas de lipídeos e proteínas que formam uma barreira fina, resistente, flexível e hidrofóbica ao redor da célula. A membrana é uma barreira para a passagem livre de íons inorgânicos e para a maioria de outros compostos carregados ou polares. Proteínas de transporte na membrana plasmática permitem a passagem de determinados íons e moléculas; proteínas receptoras transmitem sinais para o interior da célula; e enzimas de membrana participam em algumas rotas de reações. Como os lipídeos individuais e as proteínas da membrana não estão covalentemente ligados, toda a estrutura é extraordinariamente flexível, permitindo mudanças na forma e no tamanho da célula. À medida que a célula cresce, novas moléculas de proteínas e de lipídeos são inseridas na membrana plasmática; a divisão celular produz duas células, cada qual com sua própria membrana. O crescimento e a divisão celular (fissão) ocorrem sem perda da integridade da membrana. O volume interno envolto pela membrana plasmática, o citoplasma, é composto por uma solução aquosa, o citosol, e uma grande variedade de partículas em suspensão com funções específicas. Esses componentes particulados (organelas envoltas por membrana como mitocôndria e cloroplastos; estruturas supramoleculares como ribossomos e proteossomos, os sítios de síntese e degradação das proteínas) se sedimentam quando o citoplasma é centrifugado a 150.000 g (g é aceleração da gravidade na superfície terrestre). O que sobra como fluido sobrenadante é o citosol, solução aquosa altamente concentrada que contém enzimas e as moléculas de RNA que as codificam; os componentes (aminoácidos e nucleotídeos) que formam essas macromoléculas; centenas de moléculas orgânicas pequenas chamadas de metabólitos, intermediários em rotas biossintéticas e degradativas; coenzimas, compostos essenciais em muitas reações catalisadas por enzimas; e íons inorgânicos. Todas as células têm, pelo menos em algum momento de sua vida, um nucleoide ou núcleo, onde o genoma – o conjunto completo de genes composto por DNA – é replicado e armazenado com suas proteínas associadas. Em bactérias e em arqueias, o nucleoide não é separado do citoplasma por uma membrana; o núcleo, nos eucariotos, é confinado dentro de uma dupla membrana, o envelope nuclear. As células com envelope nuclear compõem o grande domínio dos Eukarya (do grego eu, “verdade”, e karyon, “núcleo”). Os microrganismos sem membrana nuclear, antes classificados como procariontes (do grego pro, “antes”), são agora reconhecidos como pertencentes a dois grupos muito distintos: Bacteria e Archaea. RESUMO: Todas as células são delimitadas por uma membrana plasmática, tendo um citosol, contendo metabólitos, coenzimas, íons inorgânicos e enzimas, possuindo também um conjunto de genes contidos em um nucleoide ou em um núcleo. HIERARQUIA ESTRUTURAL NA ORGANIZAÇÃO MOLECULAR DAS CÉLULAS As organelas e outras estruturas relativamente grandes das células são feitas de complexos supramoleculares, que por sua vez são feitos de moléculas menores e de subunidades moleculares menores. Por exemplo, o núcleo desta célula de planta contém cromatina, complexo supramolecular que consiste em DNA e proteínas (histonas). O DNA é feito de subunidades monoméricas simples (nucleotídeos), assim como as proteínas (aminoácidos). ALGUNS DOS AMINOÁCIDOS DAS PROTEÍNAS COMPONENTES DOS ÁCIDOS NUCLÉICOS COMPONENTES DOS LÍPIDIOS CARACTERÍSTICAS PECULIARES NOS ORGANISMOS VIVOS Alto grau de complexidade química e organização microscópica: Elas incluem polímeros muito longos, cada qual com sua sequência característica de subunidades, sua estrutura tridimensional única e seletividade muito específica de parceiros para interação na célula. Cada biomolécula apresenta características estruturais específicas relacionadas à sua composição em subunidades e arranjo nas células – determinar a função e diversidade nas células. Sistemas para extrair e converter energia do ambiente: Seres vivos obtêm energia do meio em que vivem para construir e manter suas unidades estruturais e para realização de trabalho (mecânico, químico, osmótico e elétrico). As células se comportam como transdutores de energia – convertem energia química em outro tipo necessário. Capacidade de autorreplicação e automontagem: Essa capacidade está relacionada com as informações codificadas no material genético de cada organismo. Mecanismos para perceber e responder a alterações do ambiente: Os organismos constantemente se ajustam a essas mudanças por adaptações de sua química interna ou de sua localização no ambiente. Funções definidas para cada componente e interações reguladas entre elas: As interações entre os componentes de um organismo vivo são dinâmicas, portanto mudanças em um deles induz alterações coordenadas ou compensatórias em outros componentes. Mudança evolutiva: Os organismos alteram suas estratégias de vida herdadas, a passos muito pequenos, para sobreviver em circunstâncias novas. O resultado de eras de evolução é uma enorme diversidade de formas de vida, muito diferentes superficialmente, mas fundamentalmente relacionadas por sua ancestralidade comum. Essa unidade fundamental dos organismos vivos se reflete na semelhança das sequências gênicas e nas estruturas das proteínas. “O que vale para E. coli vale para um elefante”. - Jacques Manod A atual compreensão de que todos os organismos têm uma origem evolutiva comum baseia-se, em parte, nessa observação de que todos compartilhem dos mesmos processos e intermediários químicos, o que muitas vezes é denominado de unidade bioquímica. FUNDAMENTOS QUÍMICOS Menos de 30 entre os 90 elementos químicos de ocorrência natural são essenciais para os organismos. Os elementos principais são componentes estruturais das células e dos tecidos e são necessários na dieta em uma quantidade de vários gramas por dia. Eles são os elementos mais leves capazes de formar de maneira eficiente uma, duas, três e quatro ligações; em geral, os elementos mais leves formam ligações mais fortes. Para os elementos-traço, as quantidades requeridas são muito menores: para humanos, alguns miligramas por dia de Fe, Cu e Zn são suficientes, e quantidades ainda menores dos demais elementos. Os elementos-traço representam uma fração minúscula do peso do corpo humano, mas todos são essenciais à vida, geralmente por serem essenciais para a função de proteínas específicas, incluindo muitas enzimas. Ex: O ferro é um mineral essencial. Ele é fundamental para o bom funcionamento das células e para a síntese de DNA e metabolismo energético. Na hemoglobina o ferro tem a função de transportar oxigênio para o músculo em atividade. Como componente da mioglobina, atua como fixador do oxigênio nas fibras musculares cardíacas e músculo esquelético, para proteger de lesão muscular durante os períodos da privação de oxigênio. Ex: O mecanismo de respiração do corpo humano, por exemplo, utiliza o ferro. Enquanto a clorofila (respiração) das plantas utiliza o magnésio. CARBONO - ELEMENTO VERSÁTIL A versatilidade de ligações do carbono, consigo mesmo e com outros elementos, foi o principal fator na seleção dos compostos durante a origem e a evolução dos organismos vivos. Nenhum outro elemento químico consegue formar moléculas com tanta diversidade de tamanhos, formas e composição. O carbono pode formar ligações simples com átomos de hidrogênio, assim como ligações simples e duplas com átomos de oxigênio e nitrogênio. A capacidade dos átomos de carbono de formar ligações simples estáveis com até quatro outros átomos de carbono é de grande importância na biologia. O carbono pode formar ligações covalentes simples, duplas e triplas, particularmente com outros átomos de carbono. Ligações triplas são raras em biomoléculas. Átomos de carbono covalentemente ligados em biomoléculas podem formar cadeias lineares, ramificadas e estruturas cíclicas. GRUPOS FUNCIONAIS COMUNS DE BIOMOLÉCULAS BIOMOLÉCULAS: A maioria das biomoléculas pode ser derivada dos hidrocarbonetos, tendo átomos de hidrogênio substituída por uma grande variedade de grupos funcionais, formando várias famílias de compostos orgânicos. Muitas biomoléculas são polifuncionais, contendo dois ou mais tipos de grupos funcionais. Acetil-coenzima A (frequentemente abreviada como acetil-CoA) é uma carreadora de grupos acetila em algumas reações enzimáticas. A “personalidade química” de um conjunto é determinada pela química de seu grupo funcional e pela sua disposição no espaço tridimensional. ESTRUTURA TRIDIMENSIONAL DAS BIOMOLÉCULAS As ligações covalentes e os grupos funcionais das biomoléculas são essenciais para o seu funcionamento, como também é o arranjo dos constituintes atômicos das moléculas no espaço tridimensional – isto é, sua estereoquímica. Compostos contendo carbono normalmente existem como estereoisômeros, moléculas com as mesmas ligações químicas e mesma fórmula molecular, mas com diferentes configurações. Interações entre biomoléculas são invariavelmente estereoespecíficas, exigindo configurações específicas das moléculas interagentes. Ligações covalentes – ligações nas quais os elétrons são distribuídos pelos átomos participantes. Ligações não covalentes – interações fracas Interações iônicas Pontes de hidrogênio Interações de van der Waals Exemplos: Replicação fiel do DNA; Enovelamento de proteínas em formas tridimensionais elaboradas; Reconhecimento especifico de reagentes pelas enzimas. CONFIGURAÇÃO: Moléculas com as mesmas ligações químicas, mas em posições diferentes (diferentes configurações). O ácido maleico (maleato no pH neutro do citoplasma) é o isômero cis, e o ácido fumárico (fumarato), o isômero trans; cada um dos compostos é bem definido e eles podem ser separados um do outro, cada um possuindo propriedades químicas únicas. Um sítio de ligação (p. ex., em uma enzima) complementar a uma dessas moléculas não será complementar à outra, o que explica por que esses dois compostos têm papéis biológicos distintos apesar de sua constituição química similar. MOLÉCULAS QUIRAIS E NÃO QUIRAIS Um átomo de carbono com quatro substituintes diferentes é considerado assimétrico, e carbonos assimétricos são chamados de centros quirais. Uma molécula com somente um carbono quiral pode ter dois estereoisômeros; quando dois ou mais (n) carbonos quirais estão presentes, então podem existir 2n estereoisômeros. Estereoisômeros que são imagens especulares um do outro são chamados de enantiômeros. Quando um átomo de carbono tem quatro grupos substituintes diferentes (A, B, X, Y), estes podem estar arranjados de duas maneiras, que representam imagens especulares não sobreponíveis (enantiômeros). O átomo de carbono assimétrico é chamado de átomo quiral ou centro quiral. Quando um carbono tetraédrico tem somente três grupos diferentes (isto é, o mesmo grupo ocorre duas vezes), somente uma configuração é possível e a molécula é simétrica ou não quiral. Neste caso, a molécula tem sua imagem superposta na imagem especular: a molécula do lado esquerdo pode girar no sentido anti-horário (quando vista de cima para baixo na direção da ligação de A com C) para formar a molécula vista no espelho. Uma mistura racêmica é a designação atribuída a uma mistura equimolecular de dois enantiômeros. Os enantiômeros são moléculas que apesar de apresentarem a mesma fórmula molecular, as suas estruturas não se sobrepõem. Estas moléculas são imagens no espelho uma da outra. Os enantiômeros apresentam as mesmas propriedades, tais como ponto de ebulição e solubilidade, ponto de fusão, entre outras. No entanto, diferem na direção do desvio da luz polarizada, mesmo tendo as mesmas propriedades físicas e químicas. Outra diferença que os enantiômeros apresentam, e das mais importantes quando utilizados em humanos, é o impacto nos sistemas biológicos. A talidomida, que foi um fármaco comercializado na década de 50 como sedativo, é constituído por uma mistura racêmica. No entanto, um dos enantiômeros apresentava efeitos teratogênicos. CONFIGURAÇÃO: Quatro diferentes substituintes ligados a um átomo de carbono tetraédrico, podem ser arranjados em duas formas espaciais diferentes – isto é possuem duas configurações (estereoisômeros). CONFORMAÇÃO: Arranjo espacial dos grupos substituintes que, sem quebrar nenhuma ligação, é livre para assumir diferentes posições no espaço por causa da liberdade de rotação em torno das ligações simples. A rotação é livre em torno de cada ligação simples, a menos que grupos muito grandes ou altamente carregados estejam ligados aos átomos de carbono. Nesse caso, a rotação pode ser limitada. Já a ligação dupla é mais curta e rígida, permitindo somente uma rotação limitada em torno do seu eixo. RESUMO Configuração – organização dos átomos ao longo da cadeia. Uma cadeia pode passar de uma configuração a outra somente por quebra de ligações químicas Conformação – diferentes arranjos dos átomos da cadeia no espaço que podem acontecer por rotações das moléculas, sem quebrar nenhuma ligação. Isômeros – são moléculas de mesma fórmula química mas que tem configuração ou conformação diferente. INTERAÇÕES ENTRE AS BIOMOLÉCULAS Quando biomoléculas interagem, o “encaixe” entre elas tem de ser estereoquimicamente correto. A estrutura tridimensional de biomoléculas grandes e pequenas – a combinação de configuração e conformação – é de máxima importância nas suas interações biológicas. Substrato com uma enzima Antígeno com anticorpo Hormônio com seu receptor FUNDAMENTOS FÍSICOS Células e organismos vivos precisam realizar trabalho para se manterem vivos e se reproduzir. As reações de síntese que ocorrem dentro das células, como processos de síntese em uma fábrica, exigem o consumo de energia. O consumo de energia também é necessário para o movimento de uma bactéria, de um velocista olímpico, para o brilho de um vaga-lume ou para a descarga elétrica de um peixe elétrico. No curso da evolução as células desenvolveram mecanismos altamente eficientes para aproveitar a energia, obtida de luz solar ou combustíveis, em vários processos consumidores de energia que precisam ser realizados. Um dos objetivos da bioquímica é compreender, em termos químicos e quantitativos, os meios pelos quais a energia é extraída, armazenada e canalizada para trabalho útil nas células vivas. REAÇÕES METABÓLICAS As transformações de energia estão relacionadas a alterações químicas que ocorrem nas células. Estas transformações relacionam-se com o metabolismo. METABOLISMO – é a atividade química total de um organismo vivo e a cada instante consiste de milhares de reações químicas. Praticamente toda reação química em uma célula ocorre em uma taxa significante devido a presença das enzimas. ENZIMAS: São biocatalisadores que aumentam bastante a velocidade de reações químicas específicas sem, contudo, serem consumidas no processo. A energia necessária para transpor a barreira de potencial é chamada de energia de ativação (DG‡). As enzimas catalisam as reações diminuindo as barreiras de potencial. Elas se ligam fortemente aos intermediários dos estados de transição, e a energia de ligação desta interação efetivamente reduz a energia de ativação de DG‡ não cat (curva azul) para DG‡ cat (curva vermelha). (Observe que a energia de ativação não está relacionada à variação da energia livre, DG.) REGULAÇÃO BIOQUÍMICA As células vivas não só sintetizam de forma simultânea milhares de tipos diferentes de carboidratos, gorduras, proteínas e ácidos nucléicos, como o fazem nas exatas proporções requerida pela célula, sob uma dada circunstância. CONSIDERAÇÕES FINAIS: Embora a Bioquímica proporcione importantes informações e aplicações práticas na medicina, na agricultura, na nutrição e na indústria, a sua preocupação final é com o milagre da vida em si. QUESTÕES 1) Celexa e Lexapro são medicamentos antidepressivos que atuam como inibidores seletivos de serotonina. Um paciente que estava em tratamento com Celexa trocou de medicamento, passando a utilizar Lexapro, porém com a dose reduzida pela metade. Explique. Celexa trata-se de uma mistura racêmica com concentrações equimolares dos enantiômeros (levogiro – desvia a luz polarizada para a esquerda e dextrogiro – desvia a luz polarizada para a direita) por isso seu efeito é reduzido necessitando de uma dose maior, enquanto que o Lexapro contém a forma biologicamente ativa. 2) Diferencie elemento traço de elemento principal. Qual grupo é tido como mais importante? Elemento traço: requerido pelo organismo em menor quantidade. Ex: ferro, magnésio. Elemento principal: são necessários em maior quantidade. Ambos grupos são importantes para o organismo, diferem apenas na quantidade necessária. 3) O que significa dizer que as interações entre as biomoléculas são esteroespecificas? Cite exemplos de tais interações. Quando biomoléculas interagem, o “encaixe” entre elas tem de ser estereoquimicamente correto. A estrutura tridimensional de biomoléculas grandes e pequenas – a combinação de configuração e conformação – é de máxima importância nas suas interações biológicas. Algumas interações são: enzima e substrato, antígeno e anticorpo, hormônio e receptor.
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