Inferência Filogenética Bayesiana

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Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana
Inferência filogenética baseada no princípio de verossimilhança
Inferência filogenética Bayesiana
Prática: MrBayes
	Objetivos: Compreender os princípios de inferência Bayesiana e a sua ênfase na probabilidade dos parâmetros e não na probabilidade da amostra como no caso clássico (verossimilhança). 
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Inferência filogenética por
verossimilhança máxima
	Verossimilhança (L)  Probabilidade 				(Amostra | Hipóteses) 
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Inferência baseada no conceito de verossimilhança (L)
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Sequência 1 — A A T C G A G C C A T A G C G
Sequência 2 — A A C A G A C A C A G T C C G
Probabilidades de transição segundo o modelo de Jukes & Cantor
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Qual a função de verossimilhança, L(t), para todos os sítios?
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Qual o parâmetro desconhecido na função de verossimilhança?
O parâmetro desconhecido na função de verossimilhança é t
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ln L =  1589,77447 e t = 0,03091825
Importante: Estima-se um único valor para o parâmetro.
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O parâmetro desconhecido na função de verossimilhança é t
Quem é t?
Produto da taxa de substituição pelo tempo
Número total, por sítio, de substituições em entre duas linhagens 
t = comprimento do ramo = 0,03091825
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Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana
Inferência filogenética baseada no princípio de verossimilhança 
Inferência filogenética Bayesiana
Prática: MrBayes
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Inferência Bayesiana
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Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana
Inferência filogenética baseada no princípio de verossimilhança 
Inferência filogenética Bayesiana 
Prática: MrBayes
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Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana
Inferência filogenética baseada no princípio de verossimilhança 
Inferência filogenética Bayesiana 
Prática: MrBayes 