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LISTA DE EXERCÍCIOS CROMATOGRAFIA 1. O que é cromatografia? A cromatografia é um método físico-químico de separação. Esta técnica está fundamentada na migração diferencial dos componentes de uma mistura, que ocorre devido a diferentes interações, entre duas fases imiscíveis, a fase móvel e a fase estacionária 2. Cite duas aplicações da cromatografia. - Separação de componentes de uma mistura (extrato) - Purificação de uma substância de interesse EXTRAÇÃO DE DNA 3. Os protocolos de extração de ácidos nucléicos baseiam-se em 3 etapas principais. Quais são elas? Para que serve cada etapa? - Lise celular: rompe a membrana plasmática e envoltório nuclear - Purificação da amostra: remove os detergentes e sais utilizados na lise celular - Precipitação dos ácidos nucléicos: separa o DNA da amostra 4. Um pesquisador deseja fazer o sequenciamento do genoma de uma nova espécie de planta. Para isso, umas das primeiras etapas do protocolo consiste na extração de DNA. Explique de maneira resumida como seria este procedimento. Como a amostra biológica é de tecido vegetal, deve ser feito um preparo para rompimento de parede celular, geralmente utilizando nitrogênio líquido, seguido pelas etapas de extração de DNA de lise celular, purificação e precipitação. 5. Após realizar uma extração de DNA, como você faria para quantificar o DNA da amostra? Por que é importante quantificar o material extraído? Por meio de espectrofotometria ou fluorescência em gel. É importante quantificar a amostra para verificar a qualidade do material extraído (gel) e para padronizar a quantidade de DNA a ser utilizada nos experimentos seguintes. ELETROFORESE EM GEL 6. Sobre o método de eletroforese e gel, responda: a) Para que é utilizada esta técnica? Para separar fragmentos de DNA, RNA e proteínas b) No que se baseia a técnica? A técnica se baseia na separação de fragmentos de diferentes tamanhos ao serem submetidos a uma corrente elétrica. Os fragmentos menores migram mais rapidamente que os fragmentos maiores. c) Quando deve-se usar o gel de agarose ou de poliacrilamida? O gel de agarose separa fragmentos grandes que variam de 0,2kb a 50kb (1kb = 1000 pares de bases), enquanto que o gel de poliacrilamida separa fragmentos pequenos de até 1kb. 7. Um pesquisador está estudando uma proteína que tem sua expressão aumentada quando submetida a determinados agentes mutagênicos. Para isso, fez o tratamento químico das células, preparou um extrato celular e fez a separação em gel. Que tipo de gel deve utilizar? Por que? Deve usar um gel de poliacrilamida, pois permite a separação de proteínas 8. Ao aplicar as amostras de DNA, RNA ou proteínas, porque devemos utilizar um tampão de amostra? Para que se utilizar marcador de peso molecular (ladder)? O tampão de amostra dá cor ao material e o deixa mais denso, o que facilita a sua aplicação no gel. O marcador de peso molecular serve como parâmetro para identificar o tamanho das bandas formadas no gel. REAÇÃO EM CADEIA DA POLIMERASE 9. Qual o princípio da reação em cadeia da polimerase? O princípio do método baseia-se na replicação artificial do DNA em um tubo, no qual o material é submetido a variações controladas de temperatura na presença de uma enzima DNA polimerase e seus substratos. 10. Quais os componentes necessários para uma reação de PCR? 1) DNA polimerase 2) Desoxirribonucleotídeos trifosfatados (A, T, G e C) 3) Par de primers 4) Alguns sais 5) DNA molde 11. As reações de PCR ocorrem em ciclos repetidos de desnaturação, anelamento e extensão. a) Explique o que ocorre em cada etapa. - Desnaturação: abertura da dupla fita de DNA - Anelamento dos primers: os primers reconhecem as seqüências complementares a eles e se hibridizam - Extensão: a DNA polimerase faz a síntese de cadeias complementares ao molde b) Por que devem ser realizados diversos ciclos repetidos? Para obtenção de múltiplas cópias de uma seqüência de DNA (molde) 12. Sobre as variações da técnica de PCR, preencha as lacunas com: I. RT-PCR II. PCR em tempo real III. PCR multiplex a. ( III ) Utiliza diferentes pares de primers para uma mesma reação de PCR, produzindo amplicons com tamanhos variáveis b. ( I ) Método utilizado para análise da expressão gênica a partir da quantificação de RNAm c. ( II ) Neste método são utilizados corantes fluorescentes que se ligam ao DNA molde ou ao amplicon a medida em que ocorre a síntese de novas fitas d. ( III ) Este método permite economia de tempo e de reagentes, pois amplifica-se diferentes seqüências de DNA ao mesmo tempo e. ( I ) A informação do RNAm deve ser convertida para uma fita de cDNA
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