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Lisossomos Bolsas membranosas originadas no Complexo Golgiense, seu conteúdo interno são enzimas digestivas, capazes de hidrolisar diversos compostos. Essas enzimas são produzidas no retículo endoplasmático granular, enviadas ao Complexo Golgiense e lá são empacotadas e liberadas, constituindo assim os lisossomos. As bolsas formadas no processo da fagocitose fundem-se aos lisossomos, que liberam então suas enzimas digestivas, iniciando assim o processo de digestão intracelular, quebrando as partículas capturadas em pequenas moléculas, que serão consumidas pela célula. Materiais não digeridos neste processo permanecem no interior da membrana, formando um vacúolo residual, que será eliminado para o meio extracelular. Os lisossomos também podem digerir partes da própria célula, possibilitando a destruição de organelas envelhecidas, aproveitando seus componentes como nutrientes, no processo de autofagia. Por vezes, esse processo pode consumir a célula por inteira, em um processo conhecido como autólise (é o que ocorre nas mãos, por exemplo, eliminando a membrana interdigital). Células em situação de privação de alimento e esgotamento de reservas podem realizar a autofagia como processo de sobrevivência, para obter energia a partir de organelas digeridas.
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