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Luíza Soares 19.2-2º Semestre TRANSCRIÇÃO Motivos para produzir RNA: produção de proteínas; *Nem todas as células vão produzir as mesmas proteínas, a produção de proteínas depende de ativação gênica e essa ativação está relacionada com a função da célula. Tem relação também com o tempo de vida que a célula está, com o tipo de célula que ela é. A diferença, quimicamente, entre o DNA e o RNA é a presença de uracila ao invés da timina; o açúcar é diferente (em vez de dexosirribose é a ribose); O DNA é transcrito pela RNA polimerase, é a enzima catalisadora. Ela vai sintetizar ligações do tipo fosfodiester, que são as ligações entre o açúcar, e o fosfato. Os substratos dessas reações de polimerização são nucleotídeos (ATP, CTP, GTP e UTP). As polimerases possuem um mecanismo de correção, atividade exonuclease 3’->5’. Na replicação, ocorre no DNA todo. Na transcrição, acontece apenas aquele gene que é necessário naquele momento para a célula. O DNA é aberto em uma região específica. Nessa região aberta, é formada a bolha de transcrição. A polimerase vai produzir o novo RNAm, utilizando como molde uma das fitas de DNA. OS SINAIS CODIFICADOS NO DNA INDICAM À RNA-POLIMERASE ONDE INICIAR E ONDE TERMINAR Há uma diferença no início do processo de transcrição entre eucariotos e procariotos. -A RNA-polimerase bacteriana é um complexo de múltiplas subunidades; -A subunidade chamada fator sigma indica onde iniciar a transcrição, pois reconhece o promotor (região que antecede o gene); Luíza Soares 19.2-2º Semestre -O sinal de terminação consiste em uma sequência de nucleotídeos A-T, precedida por uma sequência de DNA duplamente simétrica, a qual, quando transcrita dobra-se em uma estrutura em “grampo de cabelo” Esse RNAm, por não haver compartimentalização do núcleo, vai ser ligado a ribossomos e vai ter um processo de tradução ocorrendo simultaneamente. *O processo de transcrição se assemelha a um processo de replicação porque em determinado momento se forma uma estrutura híbrida. A INICIAÇÃO DA TRANSCRIÇÃO EM EUCARIOTOS NECESSITA DE VÁRIAS PROTEÍNAS Os eucariotos possuem 3 RNA-polimerases: RNA-polimerase I, RNA-polimerase II e RNA-polimerase III. TIPO DE POLIMERASE Genes transcritos RNA-polimerase I Genes do rRNA 5,8S, 18S e 28S. RNA-polimerase II Todos os genes que codificam proteínas, além de genes que codificam snoRNA, miRNA, siRNA e a maioria dos genes de snRNA. RNA-polimerase III Genes de tRNA, rRNA 5S, alguns snRNA e genes de outros pequenos RNAs. • As RNA-polimerases eucarióticas necessitam de diversas proteínas adicionais, coletivamente denominadas fatores gerais de transcrição; • Ajudam a posicionar corretamente a RNA-polimerase no promotor e auxiliam na separação das duas fitas de DNA; • São necessários em praticamente todos os promotores que utilizam a RNA-polimerase II; • São designados TFII (fator de transcrição para a polimerase II) e recebem nomes arbitrários de TFIIB, TFIID etc; *Os fatores de transcrição trabalham com a RNA-polimerase II. *TFIID é uma enzima complexa formada por algumas subunidades, uma delas é a proteína que reconhece a região promotora do TATA box, que é o TBP. Existem outras proteínas que atuam como fatores de transcrição, que ajudam no reconhecimento, estabilização da RNA-polimerase na estrutura do DNA, ajudam a enzima se acoplar melhor na região gênica. Luíza Soares 19.2-2º Semestre No DNA, tem o início do gene. Antes do início do gene, tem o TATA box, que é a região promotora do gene, onde todos os fatores de transcrição, inclusive a RNA-polimerase, se encontram para iniciar o processo de formação do RNA-mensageiro. Por que eles não se encontram no início da transcrição, na região ATG? Porque normalmente esse processo envolve um complexo proteico muito grande e o que acontece é que se eles tentarem se encontrar no inicio do gene, um pode estar mais na frente do outro, e aí a transcrição podia começar em um local que não deveria começar, perdendo parte da informação. É a mesma coisa de ir em um show com seus amigos, vocês marcam de se encontrarem na entrada do show para não se perderem. O TFIID tem a subunidade TBP, que se liga no TATA box, e essa ligação recruta outros fatores de transcrição, incluindo a RNA-polimerase. Todos vão se encontrar na região antes do inicio da transcrição, ajudando a polimerase a se ligar ao DNA, fazendo com que ela estabilize sua ligação com essa molécula informacional, e depois permitindo a liberação dela da região promotora e o deslizamento dela para fazer a transcrição a partir da leitura do DNA, produzindo um novo RNA, o RNA-m primário. A RNA-polimerase sofre uma fosforilação na cauda CTD, no resíduo de serina, e quem faz isso é a TSIIH. A interação da polimerase com o DNA vai ocorrer a partir dos fatores de transcrição, e quando isso acontece, vai haver a atividade helicase do TSIIH, quebrando as pontes de hidrogênio e tirando o formato em espiral das fitas. A fosforilação da RNA-polimerase resulta em sua ativação e faz com que ela produza o RNA-m a partir da informação contida no DNA. 1. Reconhecimento de TATA-box pelo TFIID; 2. Distorção no DNA por meio da ligação de TFIID e ligação de TFIIB que permite o perfeito posicionamento da RNA pol II no sítio de transcrição; 3. Associação de TFIIF estabiliza a interação da RNA-polimerase II com TBP e TFIIB e atrai TFIIE e TFIIH; 4. TFIIE atrai e regula TFIIH; 5. TFIIH usa ATP para separar a dupla-hélice e fosforila a RNA-pol II, que se separa dos TFII e iniciação a fase de extensão. *Parte do nosso material genético codifica para proteína e parte não codifica. 97% do nosso DNA não é codificante. Os outros 3% codifica. Essa parte não codificante foi apelidada de “DNA lixo”, porém nos dias de hoje muito se sabe sobre suas funções. Proteger informações é uma função importante. Os íntrons representam a maior parte do nosso material genético e são importantes para a regulação da nossa expressão gênica. Regular é aumentar ou diminuir a expressão. Não é o DNA por si só que vai regular a expressão de outra região de DNA. O DNA serve como ponto de referência para que proteínas ativadoras se liguem a ele, e a partir dessa ligação ela seja capaz de estimular o complexo transcricional na sua montagem. Então existem regiões chamadas de estimuladoras, que não codificam nenhuma proteína, mas podem servir de ligação para determinadas proteínas que atuam na intensificação da expressão gênica de determinados genes do nosso material genético. As modificações nas extremidades permitem que a célula verifique se ambas as extremidades de uma molécula de mRNA estão presentes. *No eucarioto a transcrição ocorre no núcleo e no procarioto no citoplasma. Luíza Soares 19.2-2º Semestre A EXTENSÃO DA TRANSCRIÇÃO EM EUCARIOTOS ESTÁ FORTEMENTE ASSOCIADA AO PROCESSAMENTO DE RNA • A maquinaria de splicing do RNA é composta por 5 moléculas de RNA e cerca de 200 proteínas; • Cada evento de splicing remove um íntron por meio de duas reações sequenciais de transferência de fosforil, conhecidas como transesterificações, as quais unem dois éxons, enquanto removem um íntron sob a forma de um “laço”. O splicing é a retirada dos íntrons e a junção dos éxons. Os éxons vão se unir a partir de formação de novas ligações fosfodiester (ligação entre o fosfato e o açúcar do nucleotídeo adjacente). O SPLICING DO RNA É REALIZADO PELO SPLICEOSSOMO • As etapas-chave do splicing do RNA são realizadas por moléculas de RNA e não proteínas; • Pequenas moléculas especializadas de RNA (snRNAs- pequenos RNAs nucleares) reconhecem as sequencias nucleotídicas que especificam onde o splicing deve ocorrer e participam da química do splicing (U1, U2, U4, U5 e U6); • Cada uma snRNA é complexado com pelo menos 7 subunidades proteicas para formar uma snRNP; • AssnRNPs formam o cerne do spliceossomo. O spliceossomo é um grande complexo enzimático. Existem diversas enzimas atuando nas duas superfícies de contato entre o íntron e o éxon. Os eventos iniciais do splicing são concomitantes com a transcrição. SPLICING ALTERNATIVO: O splicing sempre vai acontecer, já o splicing alternativo pode acontecer ou não e vai acontecer de maneira diferente a depender do tipo de célula. Ex: miosina é uma proteína que vamos encontrar em diferentes formas em diferentes células. Um mesmo gene da miosina pode formar tipos diferentes, usando combinações de éxons diferentes. Na célula muscular lisa, a miosina é diferente da encontrada nos músculos esqueléticos. Você varia a organização dos éxons para produzir, a partir do mesmo gene, proteínas diferentes. AS ENZIMAS DE PROCESSAMENTO DO RNA GERAM A EXTREMIDADE 3” DOS mRNAs DE EUCARIOTOS Os RNAs, conforme vão sendo elongados, o DNA sendo transcrito em RNA, eles podem e, na maioria das vezes, eles sofrem um processamento (RNA primário se transformando em RNA maduro). Por exemplo, o processamento para o RNA mensageiro ocorre da seguinte forma: ele é produzido e na região 5’ é adicionado um nucleotídeo modificado chamado CAP, que ajuda a proteger o RNA mensageiro e se liga a um complexo de proteínas de ligação do RNAm ao ribossomo para indicar o início da tradução, ou seja, da síntese de proteínas. Já na extremidade 3’, ou seja, no final da transcrição, será adicionada uma cauda de nucleotídeos contendo adenina, ou seja, uma cauda de poli A (poliadenilação), contendo cerca de 200 adeninas. Essa cauda serve para proteção da informação genética, pois Luíza Soares 19.2-2º Semestre quando o RNA sai do núcleo para o citoplasma, há risco de degradação por enzimas de ácidos nucléicos. A presença de CAP na extremidade 5’ e de poli A na 3’ é característico do RNAm. OS mRNA maduros são seletivamente exportados do núcleo. *Se o RNA não tiver sofrido splicing, se ele não tiver sofrido adição de CAP poli-A, ele não vai ser selecionado para passar pelo complexo de poros da carioteca, e não vai ser exportado do núcleo para o citosol. SÍNTESE PROTÉICA • As principais estruturas envolvidas na síntese proteica são: mRNA, tRNAs aminoacilados e ribossomos contendo rRNAs; • O processo de tradução pode ser dividido em 3 estágios: iniciação, alongamento e terminação; • Metionil-tRNA reconhece o códon inicial AUG; • O códon AUG para metionina funciona como códon inicial na grande maioria dos mRNAs; • Procariotos e eucariotos contêm 2 diferentes metioninas tRNAs: tRNAiMet pode iniciar a síntese proteica, enquanto tRNAMet (é acoplada no meio da proteína que está sendo formada) somente pode incorporar metionina em uma cadeia proteica crescente; • A mesma aminoacil-tRNA sintetase (MetRS) adiciona ambos tRNAs com metionina, mas somente Met- tRNAiMet pode ligar-se ao sítio apropriado na subunidade ribossomal pequena, o sítio P para iniciar a síntese de uma cadeia polipeptídica; • O aminoacil-tRNAMete todos os outros tRNAS carregados são capazes de ligar-se somente ao outro sítio ribossomal, sítio A; • O código genético é degenerado, pois mais de uma trinca de bases pode codificar o mesmo aminoácido: EX. glicina (GLY) é codificada por GGG, GGC, GGA e GGU. O início da tradução ocorre no códon AUG mais próximo da região 5’ de uma molécula de mRNA; No primeiro estágio da tradução ocorre a montagem do ribossomo complexado com uma molécula de mRNA e um tRNA iniciador ativado corretamente posicionado no códon de início; As subunidades ribossomais grande e pequena são mantidas separadas devido à ligação de 2 fatores de iniciação, chamados elF3 e elF6, eu eucariotos; Luíza Soares 19.2-2º Semestre O complexo de pré-iniciação da tradução é formado quando o complexo subunidade 40S-elF3 liga-se por meio de elF1A a um complexo ternário (aminoacil-tRNAiMe , elF2 e GTP); As células podem regular a síntese de proteínas por meio da fosforilação de um resíduo de serina no elF2 ligado ao GDP; O complexo fosforilado é incapaz de trocar o GDP por GTP e não pode ligar ao aminoacil-tRNAiMet, inibindo, assim, a síntese protéica; Para a iniciação da tradução, o complexo mRNA-elF4 associa-se com o complexo de pré-iniciação, formando, então o complexo de iniciação; O complexo de iniciação desliza ao longo do mRNA devido À atividade helicase do elF4A, que usa a energia da hidrólise do ATP para desenrolar a estrutura secundária do RNA; O reconhecimento do códon de início conduz à hidrólise do GTP associado ao elF2; A seleção do códon AUG de iniciação é facilitada por nucleotídeos específicos chamados de sequência de kozak (Marily Kozak): (5) ACCAUGG (3); Uma vez que a subunidade ribossomal pequena com seu aminoacil-tRNAiMet ligado esteja corretamente posicionada no códon de iniciação, a união com a subunidade ribossomal grande (60S) completa a formação do ribossomo 80S; A formação do ribossomo 80S requer a ação de um outro fator (elF5) e a hidrólise de um GTP associado a ele. Isso permite com que as subunidades ribossomais não se dissociem até que a molécula de mRNA inteira seja traduzida e a síntese proteica seja terminada; Quando ocorre o correto posicionamento do complexo ribossomo 80S- Met- tRNAiMet, pode ser dado início a tradução do mRNA; Durante a etapa de alongamento, a cadeia polipeptídica permanece ligada ao tRNA no sítio P do ribossomo; Assim como no caso da iniciação, fatores de alongamento (EFs-EFtu e EFg em procariotos e EF1 e EF2 em eucariotos) são necessários para o alongamento das cadeias polipeptídicas; Os passos-chaves do processo de alongamento são a entrada de aminoacil- tRNAs sucessivos, formação de pontes peptídicas e o movimento (translocação) do ribossmo um códon a frente nomRNA; O passo de translocação ao longo do mRNA é promovido pela hidrólise do GTP; O estágio final da tradução, assim como a iniciação e alongamento, requer sinais moleculares altamente específicos que decidem o destino do completo mRNA-ribossomo-peptidil-tRNA; Em eucariotos, sabe-se que fatores de liberação atuam no final da tradução; O fator Erf1, cujo formato é similar ao de tRNAs, aparentemente age por meio da ligação ao sítio ribossomal A e reconhecimento do códon de parada; O fator de liberação eRF3, que é uma proteína que se liga a GTP, age conjuntamente com eRF1 para promover a clivagem do peptidil-tRNA, liberando, assim a cadeia polipeptídica; Luíza Soares 19.2-2º Semestre A proteína recém-sintetizada enovela-se na sua conformação tridimensional nativa por meio da ajuda de chaperonas; Fatores de liberação adicionais promovem a dissociação dos ribossomos, liberação das subunidades, do mRNA e do tRNA terminal.
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