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1 GENÉTICA E EMBRIOLOGIA Vanessa Berto REPLICAÇÃO E REPARO DO DNA OBJETIVOS DE APRENDIZAGEM • Saber a importância do entendimento do pro- cesso replicativo e de reparo do DNA; • Conhecer o contexto da vida da célula onde o processo replicativo e de reparo ocorrem (euca- rionte e procarionte); • Aprender como se inicia a replicação em euca- riontes e procariontes; • Entender como se desenvolve a replicação em eucariontes e procariontes; • Reconhecer como termina a replicação em eu- cariontes e procariontes; • Saber os principais mecanismos de reparo do DNA; • Compreender como as falhas na replicação e no reparo podem dar origem a doenças genéticas como câncer. QUANDO UMA CÉLULA FAZ REPLICAÇÃO? • A replicação é a capacidade de duplicação do ma- terial genético de uma célula. É realizada para a célula crescer, duplicar, cicatrizar, fazer manu- tenção, fazer mitose... Divisão celular. • Ocorre durante a interfase, na fase S. • Reparo é importante para a manutenção da ho- meostase. • Se um dos mecanismos de reparo estiver inade- quado, poderá haver comprometimento da ho- meostase do organismo (DNA duplicado com erro → código genético copiado pelo RNAm de forma inadequada → código traduzido de forma errada → produção de proteínas inadequadas → prote- ína inadequada pode comprometer o funciona- mento das células, dos órgãos e tirar a homeos- tase do organismo). REPLICAÇÃO • É semiconservativa; • Inicia-se em origens fixas; • Geralmente é bidirecional a partir de cada origem de replicação; • A síntese de um novo filamento de DNA ocorre na velocidade aproximada de: o 3000 nucleotídeos/min (humanos) o 30000 nucleotídeos/min (bactérias) • Processo muito acurado (para evitar que erros ocorram ou, caso ocorram, para repará-los); • Média de apenas 1 erro por bilhões de nucleotí- deos incorporados; • Já se conhece a maioria das características prin- cipais do mecanismo que possibilita replicação rápida e acurada do DNA, embora ainda haja muitos detalhes moleculares a esclarecer. COMO SE INICIA UMA REPLICAÇÃO? • Inicia-se em um único local no cromossomo cir- cular de Escherichia coli o Essa origem da replicação controla a replica- ção do cromossomo inteiro; • Nos grandes cromossomos de eucariotos o Múltiplas origens controlam coletivamente a replicação da molécula gigante de DNA de cada do cromossomo; • Dados atuais indicam que essas múltiplas ori- gens de replicação em cromossomos eucarióticos localizam-se em sítios específicos; • Cada origem controla a replicação de uma uni- dade de DNA chamada réplicon: o Cromossomos procarióticos (maioria): 1 répli- con o Cromossomos eucarióticos: muitos réplicons. Obs.: Esses pares de base atraem a RNA polime- rase para dar início à replicação. COMO UMA REPLICAÇÃO SE DESEN- VOLVE? (BACTÉRIAS) • A replicação do cromossomo de E. coli é bidireci- onal, a partir da origem única de replicação; • Cada estrutura em forma de Y é uma forquilha de replicação; • As duas forquilhas se movem em direções opos- tas (nem sempre é bidirecional), sequencial- mente em torno do cromossomo circular. 2 GENÉTICA E EMBRIOLOGIA Vanessa Berto A REPLICAÇÃO PROPRIAMENTE DITA • Os detalhes moleculares de muitos fenômenos genéticos foram elucidados por meio do estudo dos procariotos (preferência: bactéria E. coli); • Síntese contínua de um filamento e síntese descontínua do outro; • Os 2 novos filamentos sintetizados em cada for- quilha de replicação do DNA estão sendo esten- didos no mesmo sentido; • Esses 2 filamentos têm polaridades opostas; • Um é estendido em sentido 5’→3’ e o outro em sentido 3’→5’; • As enzimas que catalisam a síntese do DNA (DNA polimerase) só conseguem adicionar nucleotí- deos na extremidade 3’ de um filamento de DNA, ou seja, sintetizam o DNA somente do sentido 5’→3’; • Filamento líder: é estendido continuamente por meio da adição sequencial de nucleotídeos; • Filamento descontínuo (lagging): estende-se de modo descontínuo pela síntese do DNA. Síntese da nova fita: 5’→3’ Leitura da fita molde: 3’→5’ • Após a ação da DNA helicase (desenrola a dupla fita), é preciso manter a dupla fita na forma uni- filamentar estendida para replicação (não permi- tir que ela volte a se enrolar); • Esse estado é mantido por um revestimento de proteína de ligação ao DNA unifilamentar (proteína SSB) o Sem a cobertura de proteína SSB, poderia ha- ver renaturação dos filamentos complementa- res ou formação de estruturas em grampo in- trafilamentares por ligações de hidrogênio en- tre segmentos curtos de sequências nucleotí- dicas. • DNA topoisomerase catalisa as quebras transi- tórias das moléculas de DNA, mas usam ligações covalentes entre si para se fixarem nas molécu- las clivadas. Há 2 tipos de topoisomerases: o Enzima DNA TOPOISOMERASE I produzem quebras ou cortes unifilamentares temporá- rios no DNA o Enzima DNA TOPOISOMERASE II (GIRASE) produzem quebras bifilamentares transitórias no DNA o Uma importante consequência dessa dife- rença é que as atividades da topoisomerase I desfazem uma super hélice do DNA de cada vez, ao passo que as enzimas topoisomerases II desfazem e criam duas super hélices por vez Obs.: ANTIBIÓTICOS • Cada nova cadeia de DNA é iniciada pro um ini- ciador (primer) de RNA curto sintetizado por RNA primase (PRIMOSSOMO); • A DNA primase de E. coli é produto do gene DNAG o Procariotos: iniciadores com 10 a 60 nucle- otídeos de comprimento; o Eucariotos: iniciadores com cerca de 10 nu- cleotídeos de comprimento • Os iniciadores de RNA oferecem os grupos 3’-OH livres necessários para extensão cova- lente de cadeias polinucleotídicas por DNA po- limerases o DNA POLIMERASE III: catalisa o acréscimo de desoxirribonucleotídeos aos iniciadores de RNA; modo contínuo (filamento líder) ou descontínuo (formação dos fragmentos de Okazaki) o DNA POLIMERASE I: faz a excisão dos inici- adores de RNA e a substituição deles por ca- deias de DNA) • DNA ligase: catalisa a formação de uma ligação fosfodiéster entre os fragmentos de Okazaki • Na E. coli, há no mínimo 5 DNA polimerases: o DNA POLIMERASE I: reparo do DNA; o DNA POLIMERASE II: reparo do DNA; o DNA POLIMERASE III: atividade de polime- rase 5’→3’ e atividade de exonuclease 3’→5’ o DNA POLIMERASE IV: replicação do DNA lesado; o DNA POLIMERASE V: replicação do DNA lesado. • Os organismos eucarióticos codificam ainda mais polimerases (identificadas pelo menos 15 DNA polimerases diferentes) o Denominadas Α, Β, Γ, Δ, Ε, Κ, Ξ, Η, Θ, Κ, Λ, Μ, Σ, Φ E REV1; o Duas ou mais DNA polimerases (α, δ e/ou ε) atuam em conjunto para levar a cabo o A replicação semiconservativa do DNA nu- clear o DNA polimerase G é responsável pela repli- cação do DNA em mitocôndrias 3 GENÉTICA E EMBRIOLOGIA Vanessa Berto o DNA polimerases β, ε, κ, ζ, η, θ, κ, λ, μ, σ, φ e rev1são enzimas de reparo do DNA ou têm outras funções metabólicas. o Algumas DNA polimerases eucarióticas não têm a atividade de exonuclease 3' → 5’ pre- sente na maioria das DNA polimerases pro- carióticas. RESUMINDO... 1. Helicase e topoisomerase vão abrindo a du- pla fita - Helicase abre as pontes de hidrogênio e desenrola o DNA - Topoisomerase quebra a fita, desenrola e depois monta 2. Chegam as proteínas estabilizadoras SSB 3. Primer-iniciador (sequência de RNA), inse- rido pela RNA primase, atrai a DNA poli- merase III 4. Chega a DNA polimerase III fazendo a in- serção dos novos nucleotídeos com base na fita molde e dando início à replicação 5. Na fita descontínua, surgem os fragmentos de Okasaki, que contêm primer de RNA 6. DNA polimerase I faz a retirada dos pri- mers de RNA na fita descontínua 7. DNA ligase faz a junção dos fragmentos ASPECTOS IMPORTANTES PARA SEREM CONSIDERADOS NOS EUCARIONTES • Há menos informações disponíveis sobre are- plicação de DNA em organismos eucarióticos; • As informações disponíveis são suficientes para concluir que há similaridades entre os proces- sos em eucariontes e procariontes; o Os iniciadores de RNA e os fragmentos de Okasaki são mais curtos em eucariotos; o Os filamentos líder e lagging replicam-se por mecanismo contínuo e descontínuo; • Alguns aspectos da replicação de DNA são ex- clusivos dos eucariotos: o A síntese de DNA ocorre somente na fase S; o Múltiplas origens de replicação; o Usam 2 ou mais polimerases diferentes o DNA eucariótico é acondicionado em nu- cleossomos (histonas), o que diminui a veloci- dade da duplicação. COMO OCORRE A REPLICAÇÃO DA PARTE FINAL DO CROMOSSOMO? Telômeros → telomerase • DNA polimerase não replica o segmento de DNA terminal do filamento lagging de um cromos- somo linear; • Sem filamento de DNA para oferecer um grupo 3’-OH livre (iniciador) para a polimerização dos desoxirribonucleotídeos, o que pode deixar al- guns nucleotídeos sem a replicação, ocasio- nando o encurtamento do filamento de DNA; • Filamento agora encurtado do DNA, servirá de molde para a síntese de um novo filamento “parceiro”; • O novo DNA não terá as sequências correspon- dentes àquelas do iniciador de RNA da rodada de replicação anterior; • Essa perda de sequências é irreparável e cumu- lativa; • Os cromossomos “encolherão”; • Telomerase: previne o encurtamento das ex- tremidades cromossômicas e, consequente- mente, o envelhecimento celular. RELAÇÃO ENTRE COMPRIMENTO DO TE- LÔMERO E ENVELHECIMENTO EM SERES HUMANOS • Obtida em estudos de indivíduos com distúrbios denominados progérias, que são caracterizados por envelhecimento prematuro; FORMA MAIS GRAVE DE PROGÉRIA SÍNDROME DE HUTCHINSON-GILFORD • Senescência → surgimento de rugas, calvície e outras manifestações de envelhecimento; • Começa imediatamente após o nascimento e, ge- ralmente, há morte na adolescência; • Essa síndrome é causada por uma mutação do- minante no gene codificador da lamina A, prote- ína que participa do controle do formato do nú- cleo das células; • Não se sabe por que essa mutação causa enve- lhecimento prematuro. FORMA MENOS GRAVE DE PROGÉRIA SÍNDROME DE WERNER • Senescência começa na adolescência e a morte geralmente sobrevém na faixa de 40 anos; • Causada por uma mutação recessiva no gene WRN, que codifica uma proteína participante dos processos de reparo do DNA; • Indivíduos com ambas as formas de progérias têm telômeros mais curtos e exibem capacidade proliferativa diminuída quando cultivadas em cultura. MECANISMOS DE REPARO DO DNA • Reparar os erros da replicação o DNA POL III: 1 erro a cada 105 pares de ba- ses; o REVISÃO DNA POL I: 1 erro a cada 107 pares de bases; o MMR: 1 erro a cada 1010 pares de bases. 4 GENÉTICA E EMBRIOLOGIA Vanessa Berto TIPOS DE REPARO DEFEITOS EM GENES DA VIA DE REPARO POR EXCISÃO DE NUCLEOTÍDEOS (NER) • Síndrome de Cokayne o Fotossensibilidade o Disfunção neurológica progressiva o Déficit intelectual • Xeroderma pigmentoso o Sensibilidade à UV o Câncer de pela o Envelhecimento precoce DEFEITOS EM GENES DA VIA DE REPARO DE MALPAREAMENTO (MMR) - Genes homólogos de MultS e MultL • Câncer colorretal hereditário sem polipose (HNPCC) ou Síndrome de Lynch o Presente em 1 a cada 200 pessoas DEFEITOS EM GENES DA VIA DE REPARO DE QUEBRA DE FITA DUPLA - Proteína p53 • Mutação na p53 está envolvida com diversos tipos de cânceres o A p53 reconhece danos no DNA, especial- mente quebras de dupla fita o Ativa proteínas de reparo ou apoptose • Síndrome de Li-Fraumeni o Predisposição para vários cânceres CÂNCER × REPARO • Notável coincidência entre estudos de muta- ções que predispõem ao câncer e estudos de mutações em proteínas de reparo; • Defeito no reparo → aumenta mutações → au- menta chance de câncer; • Herança autossômica recessiva.
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