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A diferença mais relevante entre os dois grupos de vermes é o tubo digestório completo (com boca e ânus). Enquanto os nematelmintos possuem ânus e boca, os platelmintos possuem somente a boca.A embriologia desses dois tipos de vermes também é diferente. Os nematelmintos são pseudocelomados (possuem uma cavidade, mas que não é igual àquela dos celomados) enquanto os platelmintos são acelomados (que não possuem celoma). E, claro, não podemos deixar de mencionar a diferença entre os corpos de vermes nematelmintos e platelmintos. Os primeiros são cilíndricos e os últimos achatados.
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