As alterações ungueais das onicomicoses a serem observadas e que auxiliam nessa diferenciação das onicopatias são principalmente: onicólise, hiperceratose subungueal, alterações de coloração, como leuconíquia e melanoníquia, e distrofias, entre outras. Seu diagnóstico diferencial deve ser feito, em especial, com psoríase, líquen plano, lesões traumáticas, fotoonicólise, e paquioníquia congênita, problemas que podem produzir alterações subungueais muito semelhantes às infecções fúngicas.
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