Já em 1893, as relações de Canudos com o governo começaram a se complicar, quando moradores queimaram documentos oficiais em um ato de rebeldia contra os impostos. Os governantes passaram a enxergar os cerca de 25 mil habitantes como fanáticos religiosos e rebeldes monarquistas perigosos, e deram início a guerra.
Porque os sertanejos se reuniram em uma comunidade, que de certa forma tirava mão de obra dos latifundiários. O governo enviou 4 expedições militares, mas somente a última conseguiu derrotar a população local, massacrando-a e restando poucos.