A resistência bacteriana a drogas pode ocorrer de diferentes maneiras. Alguns mecanismos incluem afetar a função das subunidades ribossômicas 30S ou 50S, causando inibição irreversível da síntese de proteínas, como é o caso do cloranfenicol, das tetraciclinas, da eritromicina, da clindamicina e das pristinamicinas. Outro mecanismo é afetar o metabolismo bacteriano dos ácidos nucleicos, como as rifampicinas, que aumentam a produção de RNA-polimerase, e as quinolonas. Além disso, algumas drogas podem promover a alteração do sítio-alvo da droga, reduzir a permeabilidade da membrana celular à droga, causar o efluxo ou inativação da droga. Existem também drogas que atuam diretamente dentro da membrana celular do microrganismo, afetando sua rigidez e resultando em extravasamento de compostos intracelulares, como a polimixina, a nistatina e a anfotericina B. Por fim, algumas drogas inibem a síntese da parede celular bacteriana, como as penicilinas e as zidovudinas.
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