A diferença entre os bioprocessos e os processos químicos em termos de controle de processo pode ser resumida da seguinte forma: Os processos químicos são geralmente contínuos e operam em alta pressão, alta temperatura e condições ácidas/básicas. Por outro lado, os bioprocessos são tipicamente em batelada ou batelada alimentada e operam em pressão normal, temperatura moderada e pH neutro. Além disso, os bioprocessos requerem esterilização e têm disponibilidade limitada de sensores em comparação com os processos químicos.
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