A principal diferença entre a formação endocondral e a formação intramembranosa é o tipo de tecido que dá origem ao osso. A formação endocondral ocorre a partir da cartilagem, que se calcifica e é substituída por osso. Já a formação intramembranosa ocorre a partir de células mesenquimais que se diferenciam em osteoblastos, que produzem a matriz óssea diretamente, sem a formação prévia de cartilagem. Além disso, a formação endocondral é responsável pela formação da maioria dos ossos longos do corpo, enquanto a formação intramembranosa é responsável pela formação dos ossos chatos, como os ossos do crânio.
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