A principal causa da infertilidade dos híbridos, em especial dos animais, é o chamado isolamento pós-zigótico. Isso ocorre porque os híbridos possuem uma combinação genética diferente das espécies parentais, o que pode levar a problemas na formação dos gametas ou na reprodução em si. Essas diferenças genéticas podem resultar em problemas na meiose, na formação dos órgãos reprodutivos ou na fertilização, tornando os híbridos inférteis.
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