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Em uma análise utilizando a PCR, Lucas encontrou como resultado a amplificação de várias regiões diferentes do DNA das amostras analisadas. O que ele esperava era encontrar apenas uma região amplificada, somente nas amostras positivas. Para solucionar o problema, seu chefe sugeriu, então, que ele desenhasse um novo par de primers e prestasse atenção no comprimento em nucleotídeos, para melhorar a especificidade. Você diria para Lucas desenhar um novo par de primers com um comprimento maior ou menor que o par de primers que ele havia usado primeiro?


Comprimento maior.
Comprimento menor.
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Aprendendo com Desafios

há 2 anos

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Aprendendo com Desafios

há 2 anos

EXERCICIO 5 BIOTECNOLOGIA E BIOINFORMÁTICA
6 pág.

EXERCICIO 5 BIOTECNOLOGIA E BIOINFORMÁTICA

ESTÁCIO

Respostas

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há 2 anos

Para melhorar a especificidade da amplificação na PCR, Lucas deve desenhar um novo par de primers com um comprimento menor do que o par de primers que ele havia usado anteriormente. Isso porque primers mais curtos têm maior especificidade e tendem a se ligar de forma mais precisa à região alvo do DNA, reduzindo a amplificação de regiões não desejadas.

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Estudante PD

há 12 meses

Maior, pois assim aumenta a chance dos primers se ligarem somente na região alvo.

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EXERCICIO 5 BIOTECNOLOGIA E BIOINFORMÁTICA
6 pág.

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ESTÁCIO

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Julgue as afirmativas a seguir sobre a ferramenta BLAST, usada para alinhamento de sequências e disponível no portal do NCBI.
I. Muito usada para sequências com apenas alguns trechos/locais conservados.
II. Importante utilizá-la quando duas sequências têm tamanhos próximos, pois toda extensão da sequência será comparada.
III. O alinhamento é feito par a par, comparando apenas duas sequências por vez.
IV. Usada para busca em banco de dados de sequências.
É correto o que se afirma em:

I. Muito usada para sequências com apenas alguns trechos/locais conservados.
II. Importante utilizá-la quando duas sequências têm tamanhos próximos, pois toda extensão da sequência será comparada.
III. O alinhamento é feito par a par, comparando apenas duas sequências por vez.
IV. Usada para busca em banco de dados de sequências.
I, III e IV.
II e III.
II e IV.
II, III e IV.
I e II.

Considere o alinhamento de uma sequência nucleotídica desconhecida em relação a um banco de dados de genes associados ao desenvolvimento de câncer usando a ferramenta BLAST. A partir dessa situação, são descritas algumas características desse programa. Assinale a alternativa que retrata a utilização correta dessa ferramenta.

2 - 5 - 3 - 3 - 2.
3 - 4 - 5 - 4 - 2.
2 - 3 - 1 - 3 - 4.
5 - 4 - 1 - 5 - 3.
4 - 2 - 3 - 2 - 1.

Caso encontre o e-value igual a 100%, a sequência desconhecida será idêntica à sequência no banco de dados.
A opção de BLASTn deve ser escolhida, uma vez que compara sequência de aminoácidos contra um banco de dados de proteínas.
Se o valor de e-value for igual a 0.0, o alinhamento deve ser desconsiderado, pois ocorreu ao acaso.
Quanto menor o valor de e-value, menor a probabilidade de o alinhamento ter sido obtido ao acaso com uma sequência do banco de dados.
A variação da ferramenta indicada nesse caso é o BLASTp, que compara sequência de nucleotídeos contra um banco de dados de proteínas.

Caso encontre o e-value igual a 100%, a sequência desconhecida será idêntica à sequência no banco de dados.
A opção de BLASTn deve ser escolhida, uma vez que compara sequência de aminoácidos contra um banco de dados de proteínas.
Se o valor de e-value for igual a 0.0, o alinhamento deve ser desconsiderado, pois ocorreu ao acaso.
Quanto menor o valor de e-value, menor a probabilidade de o alinhamento ter sido obtido ao acaso com uma sequência do banco de dados.
A variação da ferramenta indicada nesse caso é o BLASTp, que compara sequência de nucleotídeos contra um banco de dados de proteínas.

Dona Rosângela, curiosa, perguntou a seu neto o significado daquele termo. Qual seria a resposta correta que o neto de Dona Rosângela deveria dar?


O NCBI é um portal que apresenta bancos de dados e ferramentas importantes para a área biotecnológica.
O NCBI é uma ferramenta usada para o alinhamento de sequências biológicas.
O NCBI é um banco de dados de sequências de nucleotídeos curadas e sem redundância.
O NCBI se trata apenas de um banco de dados de artigos científicos da área biomédica.
O NCBI é um programa on-line para o desenho de primers.

Muitos programas de computador já foram e vêm sendo desenvolvidos para auxiliar no desenho de primers usados na PCR (Reação em Cadeia de Polimerase). Dentre eles, podemos citar o Primer3, que pode ser usado de forma on-line por qualquer pessoa. Qual das opções abaixo contém uma informação essencial que o usuário precisa fornecer obrigatoriamente, para que um programa consiga desenhar primers?


Sequência de nucleotídeos do alvo no DNA.
Tamanho do produto amplificado.
Temperatura de anelamento.
Conteúdo GC.
Temperatura de melting.

O valor de e-value diz respeito à significância estatística do alinhamento realizado com a ferramenta BLAST. Valores iguais ou muito próximos de zero são desejados, pois indicam que a chance daquele alinhamento ter ocorrido ao acaso é muito pequena. A variante BLASTn usa sequências de nucleotídeos para buscar em banco de nucleotídeos, enquanto a variante BLASTp usa sequências de aminoácidos para buscar em bancos de proteínas.


Qual banco de dados, disponível no NCBI, Aline pode consultar para conseguir uma sequência referência curada para o gene brca1?


RefSeq.
KEGG.
BLAST.
PubMed.
GenBank.

A partir do PubMed, podemos buscar por artigos científicos da área biomédica publicados por cientistas em todo o mundo. Caso você queira direcionar a sua busca para obter artigos mais adequados ao seu interesse, o que poderia ser feito?


Não existe a possibilidade de direcionar a busca, é necessário avaliar todos os títulos que aparecem como resultado para escolher aqueles mais adequados.
Acessar o PubMed por meio de rede de Internet de instituição pública, como universidades ou bibliotecas. Só assim é possível direcionar a busca por artigos.
Cadastrar seus dados profissionais e receber uma autorização para acessar a parte restrita do PubMed que permite buscas avançadas.
Pagar uma assinatura mensal ao PubMed para que ele direcione automaticamente suas buscas de acordo com os critérios que você deseja.
Utilizar os filtros de busca, que incluem ano e tipo de artigo, por exemplo, ou, ainda, optar pela busca avançada.

Um pesquisador e sua equipe acabam de obter a sequência de nucleotídeos de um gene de camundongo antes desconhecido. Querendo saber se esse gene ou um gene similar está presente no genoma humano, ele deve recorrer à seguinte ferramenta de bioinformática:


BLAST.
Velvet.
Mega.
GenBank.
Multialignm.

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