EXERCICIO 5 BIOTECNOLOGIA E BIOINFORMÁTICA

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23/08/2023 21:41 Estácio: Alunos
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Exercício por
Temas
 avalie sua aprendizagem
Julgue as a�rmativas a seguir sobre a ferramenta BLAST, usada para alinhamento de sequências e disponível no
portal do NCBI.
I. Muito usada para sequências com apenas alguns trechos/locais conservados.
II. Importante utilizá-la quando duas sequências têm tamanhos próximos, pois toda extensão da sequência será
comparada.
III. O alinhamento é feito par a par, comparando apenas duas sequências por vez.
IV. Usada para busca em banco de dados de sequências.
É correto o que se a�rma em:
BIOTECNOLOGIA E BIOINFORMÁTICA
Lupa  
 
DGT0945_202211411085_TEMAS
Aluno: NATHALIA MACEDO SILVA Matr.: 202211411085
Disc.: BIOTECNOLOGIA E BI  2023.3 FLEX (G) / EX
Prezado (a) Aluno(a),
Você fará agora seu EXERCÍCIO! Lembre-se que este exercício é opcional, mas não valerá ponto para sua avaliação. O
mesmo será composto de questões de múltipla escolha.
Após responde cada questão, você terá acesso ao gabarito comentado e/ou à explicação da mesma. Aproveite para se
familiarizar com este modelo de questões que será usado na sua AV e AVS.
02925 - NCBI E ALINHAMENTO DE SEQUÊNCIAS
 
1.
I, III e IV.
II e III.
II e IV.
II, III e IV.
I e II.
Data Resp.: 23/08/2023 21:41:09
Explicação:
O BLAST é uma ferramenta utilizada para o alinhamento de sequências simples (duas sequências) e local
(comparadas regiões de maior similaridade). É indicado para sequências mais divergentes e com tamanhos
distintos. O BLAST é aplicado em vários bancos de dados de sequência de nucleotídeos ou aminoácidos como
uma ferramenta de busca.
javascript:voltar();
javascript:voltar();
javascript:diminui();
javascript:aumenta();
23/08/2023 21:42 Estácio: Alunos
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 (UFSM, 2006, Biólogo) As temperaturas são essenciais para realização da ampli�cação do DNA por PCR. Associe a
segunda coluna com a primeira.
 
1. de 0°C a 10°C
2. de 35°C a 65°C
3. 72°C
4. 82°C
5. de 90°C a 96°C
(  ) Maior probabilidade de alinhamento dos primers com a �ta molde.
(  ) Formação de �tas-molde a partir de todos os seguimentos.
(  ) Ideal para ação da enzima Taq-DNA-polimerase.
(  ) Ideal para extensão dos primers a partir da extremidade 3'.
(  ) Estabelecimento de ligações - pontes de hidrogênio, o DNA da amostra e os primers.
 
Considere o alinhamento de uma sequência nucleotídica desconhecida em relação a um banco de dados de
genes associados ao desenvolvimento de câncer usando a ferramenta BLAST. A partir dessa situação, são
descritas algumas características desse programa. Assinale a alternativa que retrata a utilização correta dessa
ferramenta.
 
2.
2 - 5 - 3 - 3 - 2.
3 - 4 - 5 - 4 - 2.
2 - 3 - 1 - 3 - 4.
5 - 4 - 1 - 5 - 3.
4 - 2 - 3 - 2 - 1.
Data Resp.: 23/08/2023 21:41:13
Explicação:
Durante a etapa de desnaturação, a temperatura está entre 90-96°C e a dupla �ta do DNA se separa, por
desnaturação, etapa em que ocorre a formação de �tas-molde a partir de todos os seguimentos. O anelamento
ocorre entre 35°C a 65°C, quando os primers se anelam na região complementar do molde, esse é o momento
de estabelecimento de ligações ¿ pontes de hidrogênio, o DNA da amostra e os primers. Após, a DNA polimerase
pode adicionar os nucleotídeos, em 72°C, essa é a temperatura ideal para extensão dos primers a partir da
extremidade 3¿. Durante o ciclo do PCR, a faixa entre 0°C a 10°C e as temperaturas de 82°C não são utilizadas.
 
3.
Caso encontre o e-value igual a 100%, a sequência desconhecida será idêntica à sequência no banco de
dados.
A opção de BLASTn deve ser escolhida, uma vez que compara sequência de aminoácidos contra um banco de
dados de proteínas.
Se o valor de e-value for igual a 0.0, o alinhamento deve ser desconsiderado, pois ocorreu ao acaso.
Quanto menor o valor de e-value, menor a probabilidade de o alinhamento ter sido obtido ao acaso com uma
sequência do banco de dados.
A variação da ferramenta indicada nesse caso é o BLASTp, que compara sequência de nucleotídeos contra um
banco de dados de proteínas.
Data Resp.: 23/08/2023 21:41:16
Explicação:
23/08/2023 21:42 Estácio: Alunos
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Durante um noticiário na televisão que falava sobre notícias na área de ciência e tecnologia, o repórter citou o
termo NCBI. Dona Rosângela, curiosa, perguntou a seu neto o signi�cado daquele termo. Qual seria a resposta
correta que o neto de Dona Rosângela deveria dar?
Muitos programas de computador já foram e vêm sendo desenvolvidos para auxiliar no desenho de primers
usados na PCR (Reação em Cadeia de Polimerase). Dentre eles, podemos citar o Primer3, que pode ser usado
de forma on-line por qualquer pessoa. Qual das opções abaixo contém uma informação essencial que o
usuário precisa fornecer obrigatoriamente, para que um programa consiga desenhar primers?
Em uma análise utilizando a PCR, Lucas encontrou como resultado a ampli�cação de várias regiões diferentes
do DNA das amostras analisadas. O que ele esperava era encontrar apenas uma região ampli�cada, somente
nas amostras positivas. Para solucionar o problema, seu chefe sugeriu, então, que ele desenhasse um novo par
de primers e prestasse atenção no comprimento em nucleotídeos, para melhorar a especi�cidade. Você diria
para Lucas desenhar um novo par de primers com um comprimento maior ou menor que o par de primers que
ele havia usado primeiro?
O valor de e-value diz respeito à signi�cância estatística do alinhamento realizado com a ferramenta BLAST.
Valores iguais ou muito próximos de zero são desejados, pois indicam que a chance daquele alinhamento ter
ocorrido ao acaso é muito pequena. A variante BLASTn usa sequências de nucleotídeos para buscar em banco de
nucleotídeos, enquanto a variante BLASTp usa sequências de aminoácidos para buscar em bancos de proteínas.
 
4.
O NCBI é um portal que apresenta bancos de dados e ferramentas importantes para a área biotecnológica.
O NCBI é uma ferramenta usada para o alinhamento de sequências biológicas.
O NCBI é um banco de dados de sequências de nucleotídeos curadas e sem redundância.
O NCBI se trata apenas de um banco de dados de artigos cientí�cos da área biomédica.
O NCBI é um programa on-line para o desenho de primers.
Data Resp.: 23/08/2023 21:41:19
Explicação:
O NCBI (Centro Nacional para Informação Biotecnológica) é uma organização que controla o portal mais
famoso da bioinformática. Dentro desse portal, estão disponíveis diferentes bancos de dados biológicos e
ferramentas para analisá-los. O NCBI se propõe a reunir o resultado do trabalho de pesquisadores ao redor do
mundo em um só lugar, facilitando o acesso e manipulação desses registros. Essa iniciativa impulsiona o avanço
do conhecimento na área biotecnológica.  Dentro do NCBI, temos o GenBank e PubMed, que são bancos de
dados disponíveis no portal do NCBI, mas esse não é o único propósito desse portal. A ferramenta BLAST, usada
para o alinhamento de sequências, também está implementada nesse portal.
 
5.
Sequência de nucleotídeos do alvo no DNA.
Tamanho do produto ampli�cado.
Temperatura de anelamento.
Conteúdo GC.
Temperatura de melting.
Data Resp.: 23/08/2023 21:41:24
Explicação:
Os primers são uma sequência de nucleotídeos que é complementar à sequência molde, que queremos
ampli�car. Essas sequências moldes podem ser obtidas em bancos de dados biológicos de sequências de
nucleotídeos, como GenBank e RefSeq, disponíveis no portal no NCBI. Nos programas utilizados para desenhar
esses oligonucleotídeos, é impossível desenhar uma sequência complementar de primers sem ter essa
sequência.  As outras alternativas da questão são todos parâmetros para o desenho de primers, mas o usuário
não precisa alterar as con�gurações do programa, só se ele achar necessário.
 
6.
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Aline é biomédica e trabalha em um laboratório para diagnóstico de doenças genéticas. Um dos genes mais
pesquisados é o brca1, quequando sofre mutações especí�cas está associado ao risco aumentado de câncer. Para
identi�car as mutações, é necessário comparar a sequência obtida do paciente com uma sequência referência não
mutada. Qual banco de dados, disponível no NCBI, Aline pode consultar para conseguir uma sequência referência
curada para o gene brca1?
O PubMed é um dos bancos de dados disponíveis no portal do NCBI. A partir dele, podemos buscar por artigos
cientí�cos da área biomédica publicados por cientistas em todo o mundo. Caso você queira direcionar a sua busca
para obter artigos mais adequados ao seu interesse, o que poderia ser feito?
Maior, pois assim aumenta a chance dos primers se ligarem somente na região alvo.
Maior, dessa forma os primers podem se ligar a diferentes regiões ao longo do genoma.
Menor, pois assim aumenta a chance dos primers se ligarem somente na região alvo.
Menor, dessa forma os primers podem se ligar a diferentes regiões ao longo do genoma.
Igual, pois o comprimento não interfere na especi�cidade dos primers.
Data Resp.: 23/08/2023 21:41:27
Explicação:
A especi�cidade de um primer garante que a região copiada seja realmente a que você deseja, e não outra
qualquer. No caso exposto, houve ampli�cação de várias sequências não desejadas e, para melhorar a
especi�cidade, faz-se necessário aumentar o número de nucleotídeos, pois quanto maior o comprimento de um
primer, mais especí�co ele é. Sequências pequenas de primers podem ocorrer aleatoriamente ao longo do DNA,
e não somente na região de interesse. Quando você usa mais nucleotídeos, você especí�ca melhor o alvo e
permite que ele seja ampli�cado apenas na região desejada.
 
7.
RefSeq.
KEGG.
BLAST.
PubMed.
GenBank.
Data Resp.: 23/08/2023 21:41:31
Explicação:
O RefSeq é um banco de dados de sequências de nucleotídeos de referência, curado por funcionários do NCBI,
que é o banco que a biomédica deveria usar para conseguir comparar a sequência obtida do paciente com uma
sequência referência não mutada de forma curada. O GenBank também é um banco de dados de sequências de
nucleotídeos, mas ele não é curado. O PubMed é banco de dados de textos biomédicos. O KEGG é um banco de
dados de vias metabólicas, principalmente. Já o BLAST não é um banco de dados, e sim uma ferramenta para
alinhamento de sequências.
 
8.
Não existe a possibilidade de direcionar a busca, é necessário avaliar todos os títulos que aparecem como
resultado para escolher aqueles mais adequados.
Acessar o PubMed por meio de rede de Internet de instituição pública, como universidades ou bibliotecas. Só
assim é possível direcionar a busca por artigos.
Cadastrar seus dados pro�ssionais e receber uma autorização para acessar a parte restrita do PubMed que
permite buscas avançadas.
Pagar uma assinatura mensal ao PubMed para que ele direcione automaticamente suas buscas de acordo
com os critérios que você deseja.
Utilizar os �ltros de busca, que incluem ano e tipo de artigo, por exemplo, ou, ainda, optar pela busca
avançada.
Data Resp.: 23/08/2023 21:41:35
Explicação:
23/08/2023 21:42 Estácio: Alunos
https://simulado.estacio.br/alunos/ 5/6
(PR4 - UFRJ - Biólogo  -UFRJ - Biologia Molecular - 2016)
Um pesquisador e sua equipe acabam de obter a sequência de nucleotídeos de um gene de camundongo antes
desconhecido. Querendo saber se esse gene ou um gene similar está presente no genoma humano, ele deve
recorrer à seguinte ferramenta de bioinformática:
 
Escolha a opção que justi�que por que é importante que o comprimento do produto ampli�cado pela reação de
PCR seja maior que 150 pares de bases (pb).
Qualquer usuário pode acessar ao PubMed, via NCBI, e fazer buscas direcionadas usando �ltro ou o modo
avançado. Pode acontecer de alguns dos artigos que aparecem como resultados não estejam disponíveis para
leitura de todo o conteúdo, mas isso depende da revista em que o artigo foi publicado, e não do PubMed.
 
9.
BLAST.
Velvet.
Mega.
GenBank.
Multialignm.
Data Resp.: 23/08/2023 21:41:39
Explicação:
O BLAST é um software para alinhamento simples e local de sequências biológicas. Essas sequências podem ser
de nucleotídeos ou aminoácidos. Como o pesquisador quer descobrir se a sequência de nucleotídeos de um
gene de camundongo antes desconhecido está presente no genoma humano, essa é a ferramenta mais aplicada,
pois ele vai comparar sequências simples. O Mega é um software para análises �logenéticas. Multialignm é um
programa para alinhamento múltiplo de sequências. Velvet é um algoritmo para montagem de genomas.
GenBank é um banco de dados.
 
10.
Estabelecer um comprimento mínimo do produto aumenta a especi�cidade da reação.Primers que se ligam
ao redor de regiões menores que 150pb formam estruturas secundárias com maior facilidade.
Produtos ampli�cados menores que 150pb podem se confundir com restos de primers que não se ligaram ao
DNA e �cam no �nal da eletroforese.
Primers que se ligam ao redor de regiões menores que 150pb formam estruturas secundárias com maior
facilidade.
A enzima Taq DNA polimerase não consegue ampli�car seguimentos de DNA menores que 150pb.
A temperatura de anelamento para ampli�car uma região menor que 150pb é maior que 72°C.
Data Resp.: 23/08/2023 21:41:43
Explicação:
O tamanho do produto ampli�cado não interfere na especi�cidade, na formação de estruturas secundárias ou
na temperatura de anelamento. O tamanho ideal do produto da PCR está entre 150 e 1.000 pares de bases (pb).
Fragmentos muito pequenos podem ser confundidos com restos de primers que não se ligaram ao alvo e
aparecem no �nal do gel da eletroforese. Por outro lado, se a região ampli�cada for muito grande, a DNA
polimerase pode não conseguir adicionar todos os nucleotídeos necessários, e nesses casos a PCR não vai
funcionar. A Taq tem di�culdade para ampli�car produtos maiores que 1000pb.
    Não Respondida      Não Gravada     Gravada
23/08/2023 21:42 Estácio: Alunos
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Exercício por Temas inciado em 23/08/2023 21:41:03.