A compactação do DNA pode influenciar a atividade transcricional de diferentes maneiras. Existem três níveis de compactação do DNA: a cromatina relaxada, a cromatina condensada e a cromossomo. Na cromatina relaxada, o DNA está menos compactado e mais acessível para a maquinaria de transcrição. Isso permite que as enzimas envolvidas na transcrição, como a RNA polimerase, tenham acesso mais fácil aos genes e possam transcrevê-los em RNA mensageiro (mRNA). Por outro lado, na cromatina condensada, o DNA está mais compactado e menos acessível para a transcrição. Nesse estado, os genes estão "desligados" e não são transcritos em mRNA. Isso ocorre porque a compactação impede que as enzimas de transcrição tenham acesso aos locais de ligação do DNA. Já no nível de compactação do cromossomo, o DNA está altamente condensado e organizado em estruturas chamadas cromossomos. Nesse estado, a transcrição é ainda mais inibida, pois os genes estão fortemente compactados e não são acessíveis para a maquinaria de transcrição. Portanto, podemos correlacionar os níveis de compactação do DNA com a atividade transcricional, onde a cromatina relaxada favorece a transcrição, a cromatina condensada inibe a transcrição e a compactação do cromossomo impede a transcrição.
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