Para construir uma filogenia a partir de sequenciamentos genéticos, é necessário realizar uma análise comparativa das sequências de DNA ou RNA de diferentes organismos. Existem várias técnicas e métodos para isso, mas um dos mais comuns é o alinhamento de sequências. No alinhamento de sequências, as sequências genéticas dos organismos são comparadas e alinhadas para identificar semelhanças e diferenças. Com base nessas informações, é possível construir uma árvore filogenética que representa as relações evolutivas entre os organismos. Quanto às variantes que teriam menores chances de adquirir resistência à vacina, isso dependeria do contexto específico e das características genéticas das variantes em questão. No entanto, em termos gerais, variantes que apresentam menor diversidade genética e menor taxa de mutação teriam menores chances de adquirir resistência à vacina. Isso ocorre porque mutações genéticas são a principal fonte de variabilidade genética e podem levar ao surgimento de variantes resistentes. A filogenia pode ajudar a justificar essa relação, pois ao analisar a árvore filogenética, é possível identificar as relações evolutivas entre as variantes e entender como a diversidade genética se distribui ao longo do tempo. Dessa forma, é possível inferir quais variantes têm maior probabilidade de adquirir resistência com base em sua posição na filogenia e nas características genéticas observadas.
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