A heterozigosidade observada é uma medida que indica a proporção de indivíduos heterozigotos em uma população, ou seja, aqueles que possuem dois alelos diferentes para um determinado gene. Já a heterozigosidade esperada é uma estimativa teórica da proporção de indivíduos heterozigotos que seria esperada em uma população em equilíbrio genético, levando em consideração a frequência dos alelos presentes na população. Em resumo, a diferença entre elas está no fato de que a heterozigosidade observada é uma medida real, baseada nos indivíduos observados, enquanto a heterozigosidade esperada é uma estimativa teórica baseada nas frequências alélicas.
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