As diferenças morfológicas das estruturas observadas em microscópio podem variar dependendo do tipo de estrutura que está sendo observada. Por exemplo, células animais e vegetais apresentam diferenças morfológicas em sua estrutura celular. As células animais geralmente são mais arredondadas e não possuem parede celular, enquanto as células vegetais são retangulares e possuem parede celular. Além disso, as células vegetais possuem cloroplastos, que são responsáveis pela fotossíntese, enquanto as células animais não possuem essa estrutura. Outras estruturas, como bactérias e fungos, também apresentam diferenças morfológicas em sua estrutura celular.
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