O processo de produção de mudas de café pode ser realizado por propagação sexuada ou assexuada. Na propagação sexuada, as mudas são produzidas a partir de sementes. Já na propagação assexuada, as mudas são produzidas a partir de partes vegetativas da planta matriz, como estacas, ramos ou brotos. A propagação assexuada é mais vantajosa, pois garante uma maior uniformidade e um desenvolvimento mais rápido das mudas. Existem diferentes tipos de mudas, como as mudas convencionais, produzidas com o uso de fertilizantes químicos e agrotóxicos, e as mudas orgânicas, que são produzidas sem o uso de produtos artificiais em seu manejo. As mudas são alocadas em substratos em tubetes ou sacolas até o momento do transplantio. Durante o processo de produção, é importante garantir a qualidade da água e do solo, além de realizar a adubação adequada para garantir o desenvolvimento saudável das mudas.
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