Os aminoácidos são classificados de acordo com a configuração absoluta do carbono alfa, que é o carbono quiral presente em todos os aminoácidos, exceto na glicina. A configuração absoluta é determinada pela orientação espacial dos quatro grupos ligados ao carbono alfa, que são o grupo amina, o grupo carboxila, o hidrogênio e a cadeia lateral. A designação D ou L é baseada na orientação do grupo amino em relação ao grupo carboxila: se o grupo amino estiver à direita, é designado como D, e se estiver à esquerda, é designado como L.