A propriedade dos oligonucleotídeos usados em reação de cadeia da polimerase que está descrita corretamente para se alcançar o desenho ótimo do oligonucleotídeo é a temperatura de desnaturação (Melting, Tm). Os valores calculados de Tm dos membros de um par de oligonucleotídeos podem diferir em até 8º C.
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