Dentro do procedimento há limitação de 60 salários mínimos. A 9099/95 até 40 salários mínimos. Há incompatibilidade entre essas normas?

Não há incompatibilidade entre as normas. A Lei 9.099/95 estabelece um limite de 40 salários mínimos para a aplicação do procedimento dos Juizados Especiais Cíveis, enquanto a Lei 10.259/2001 estabelece um limite de 60 salários mínimos para a aplicação do procedimento dos Juizados Especiais Federais. Portanto, cada lei se aplica a uma esfera diferente (estadual e federal, respectivamente) e não há conflito entre elas.