No caso de lavratura de auto de infração antes da decisão da impugnação administrativa, correrá a prescrição?

Sim, a lavratura do auto de infração não interrompe o prazo prescricional, que continua a correr até a decisão final da impugnação administrativa. A partir da decisão final, inicia-se um novo prazo prescricional para a cobrança da dívida.