As bombas de prótons estão localizadas na membrana da organela osmorreguladora, chamada vacúolo pulsátil ou contrátil. Essas bombas são responsáveis por transportar prótons (íons H+) do citoplasma para o interior do vacúolo, gerando um gradiente de concentração que permite a entrada de água por osmose. Quando há excesso de água no citoplasma, o vacúolo pulsátil se contrai, expulsando o excesso de água para o meio externo. Já quando há falta de água, o vacúolo pulsátil se expande, absorvendo água do meio externo. Esse processo é importante para a regulação do volume celular e manutenção da homeostase.
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