O principal objetivo da taxonomia em relação à biodiversidade é classificar as espécies em categorias, com base em suas características morfológicas, fisiológicas e genéticas, para que possam ser identificadas e nomeadas corretamente. Dessa forma, a taxonomia ajuda a compreender a diversidade biológica e a estabelecer relações evolutivas entre as espécies, além de auxiliar na conservação e no uso sustentável da biodiversidade.
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