A ordem mais adequada dos passos considerando o fluxo de Bioinformática para análise de dados de sequenciamento NGS de genomas virais é: Análise dos dados brutos, remoção de adaptadores e leituras de baixa qualidade, alinhamento ao genoma de referência, definição de cobertura e profundidade de sequenciamento, definição do genoma consenso, anotação de variantes e outras análises.
Análise dos dados brutos, remoção de adaptadores e leituras de baixa qualidade, alinhamento ao genoma de referência, definição de cobertura e profundidade de sequenciamento, definição do genoma consenso, anotação de variantes e outras análises.
Explicando:
A remoção de adaptadores e leituras de baixa qualidade deve ser feita antes dos alinhamentos ao genoma de referência. A definição de cobertura e profundidade de sequenciamento só pode ser feita após o alinhamento ao genoma de referência. A definição do genoma consenso deve ser feita após o alinhamento ao genoma de referência.
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