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Um analista de bioinformática se deparou com um problema em uma região do genoma sequenciado, ao realizar o alinhamento por referência das reads co...

Um analista de bioinformática se deparou com um problema em uma região do genoma sequenciado, ao realizar o alinhamento por referência das reads como especificado pela imagem a seguir: Com base nesse contexto e nos conhecimentos assimilados ao decorrer do curso, pode-se afirmar corretamente que: Escolha uma opção: A. o genoma apresenta baixa cobertura horizontal na região de 1697 a 1709, expressa pela quantidade de reads contemplando essa região. B. pelo padrão de mutações presentes na região mostrada na imagem, pode-se considerar que se trata de uma amostra da variante Delta do SARS-CoV-2. Porém, não existe uma deleção na região de 1697 a 1709, podendo ser considerada uma amostra recombinante. C. as reads apresentam baixa profundidade (cobertura vertical) na região de 1697 a 1709, não possuindo elevada confiança. Esse problema pode ocorrer devido à degradação da amostra, erro de pipetagem ou falha no pool e primers utilizado. D. o arquivo apresenta inúmeros vieses, principalmente em regiões após a posição 1600, sendo impossível realizar o alinhamento e montagem. E. o arquivo apresenta muitas reads com bases ambíguas, não podendo ser gerado um consenso correto para todo o genoma.

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Com base na imagem apresentada, pode-se afirmar corretamente que a alternativa correta é a letra C: as reads apresentam baixa profundidade (cobertura vertical) na região de 1697 a 1709, não possuindo elevada confiança. Esse problema pode ocorrer devido à degradação da amostra, erro de pipetagem ou falha no pool e primers utilizado. A baixa profundidade de cobertura vertical indica que poucas reads cobrem essa região específica do genoma, o que pode levar a uma menor confiabilidade dos resultados obtidos nessa região.

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