Objetivando o estabelecimento de estratégias de triagem de amostras de maneira mais efetiva para um serviço de vigilância genômica e considerando u...

Considerando o contexto de predominância da variante delta e o valor de CT acima de 30 para o alvo viral analisado, a melhor metodologia de vigilância genômica a ser empregada é a inferência molecular com ensaios específicos desenhados para a detecção da variante Delta. Apenas amostras com resultado negativo serão encaminhadas para sequenciamento NGS, devido ao alto valor de CT e consequentemente baixa carga viral.

inferência molecular com ensaios específicos desenhados para a detecção da variante Delta. Apenas amostras com resultado negativo serão encaminhadas para sequenciamento NGS, devido ao alto valor de CT e consequentemente baixa carga viral.

Explicando:

Considerando um cenário de prevalência da VOC Delta, espera-se que a grande maioria das amostras sejam desta variante. Dessa forma, casos em que o CT é muito alto e consequentemente a carga viral é baixa, espera-se um baixo desempenho no sequenciamento, com a prevalência de falhas. Assim, o ideal seria priorizar o teste de inferência com primers específicos para a VOC Delta e enviar para sequenciamento apenas as amostras que deram negativo no teste. Com isso, podemos monitorar aquelas amostras que são passíveis de serem casos de novas variantes ou linhagens que estejam por algum acaso mantendo-se mesmo frente a um cenário de prevalência de uma variante de preocupação, como é o caso da Delta.