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Em 1549, na tentativa de resgatar o controle é instaurado pela coroa o Governo Geral, que assume amplas responsabilidades burocráticas e fiscais, tendo no comando o Governador Geral, possibilitando a formação de uma tímida justiça colonial administrada por um pequeno grupo de burocratas que vieram a serviço do governador. A instituição do sistema de Governo-Geral, como forma de centralizar o poder e solucionar o problema do fracasso do sistema de capitanias e a invasão estrangeira, aumenta a possibilidade de criação de um corpo burocrático, destacando-se o Ouvidor-Geral como símbolo da justiça local.