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Os metabólitos primários são compostos orgânicos essenciais para a sobrevivência da célula, como aminoácidos, carboidratos e lipídios. Já os metabólitos secundários são compostos orgânicos não essenciais para a sobrevivência da célula, mas que possuem funções específicas, como defesa contra predadores e atração de polinizadores. No setor farmacêutico, os metabólitos secundários são de grande interesse, pois muitos deles possuem propriedades terapêuticas, como ação antibiótica, anti-inflamatória e antitumoral. Alguns exemplos de metabólitos secundários utilizados na produção de medicamentos são a morfina, extraída do ópio, e a penicilina, produzida por fungos do gênero Penicillium.
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