Os fungos e oomycota são diferentes em vários aspectos. Os fungos são organismos eucarióticos, enquanto oomycota são organismos protistas. Além disso, os fungos possuem quitina em suas paredes celulares, enquanto oomycota possuem celulose. Os fungos se reproduzem por meio de esporos, enquanto oomycota se reproduzem por meio de zoósporos. Em termos de nutrição, os fungos são heterotróficos, enquanto oomycota podem ser saprófitos ou parasitas. Essas são algumas das diferenças entre os dois grupos.
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