O sistema complemento na imunidade inata é importante porque as bactérias apresentam estruturas capazes de ativar diretamente essa via, resultando na formação do complexo de ataque direto à membrana e na sua lise da bactéria. Além disso, quando as bactérias estão revestidas pelo produto C3b, são fagocitadas por macrófagos e neutrófilos através de receptores específicos para o C3b, num processo chamado de opsonização. Outros receptores, como de manose e scavenger, também podem reconhecer epítopos presentes na superfície desses microrganismos, promovendo a fagocitose dos mesmos.
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