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Ed 
Para a detecção direta da sonda na hibridização de ácidos nucleicos, a sonda é marcada com um rótulo que pode ser detectado diretamente, como fluorescência ou radioatividade. Já na detecção indireta, a sonda não é marcada diretamente, mas é detectada por um segundo marcador que se liga à sonda marcada. Isso permite amplificar o sinal de detecção.
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