O beneficiamento visa aprimorar a qualidade de um lote de sementes através de ações como remoção de materiais estranhos (fragmentos de plantas, torrões e insetos, por exemplo), remoção de sementes de outras culturas e ervas daninhas, remoção de sementes danificadas, classificação da semente por tamanho e aplicação de fungicidas e inseticidas à semente. Assim que chega à Unidade de Beneficiamento de Sementes, o lote é analisado a fim de decidir como será feito o seu encaminhamento. As etapas de beneficiamento podem diferir, a depender das características da espécie e do resultado das análises realizadas na recepção do lote.