Como possíveis respostas negativas do organismo a essa abordagem, existe a imunidade a toxina botulínica, refere-se à capacidade do sistema imunológico de reconhecer a toxina como estranha e montar uma resposta imune a ela. Quando esta substância vai de encontro ao organismo humano, o sistema imunológico pode reconhecer a proteína da toxina como antígeno, o que irá desencadear a produção de anticorpos específicos para a toxina. A imunossupressão com toxina botulínica pode ter importantes implicações clínicas. Quando o corpo monta uma resposta imune a uma toxina, os anticorpos podem neutralizá-la, reduzindo ou anulando seu efeito terapêutico. Isso pode levar a um menor tempo de ação da toxina, o que exigiria dosagens mais frequentes para manter o efeito terapêutico desejado. (TAMURA E CUCÉ, 2009)