Vamos analisar as opções uma a uma para identificar o uso correto do "porquê": A) "Mariana está chorando. Posso saber o porque?" - Aqui, "porque" deveria ser "porquê", pois se refere à causa do choro. B) "Por que chegou atrasado hoje?" - Esta frase está correta. "Por que" é usado para perguntar a razão. C) "Bruna não foi à escola por quê esta doente." - Aqui, "por quê" deveria estar separado e com acento, pois está no final da frase. D) "Sua mãe não deixou você ir ao cinema porquê?" - Aqui, "porquê" está incorreto, pois deveria ser "porque", que indica a causa. E) "Por quê as folhas das árvores estão caindo?" - Aqui, "por quê" deveria estar separado e com acento, mas a frase não está formulada corretamente. A única opção que usa "por que" corretamente é a B: "Por que chegou atrasado hoje?". Portanto, a resposta correta é a B.