A construção da ferrovia Madeira-Mamoré enfrentou diversas dificuldades, sendo uma das mais significativas a incidência de doenças tropicais, que afetou muitos trabalhadores durante a obra. Essas doenças, como malária e febre amarela, foram um grande obstáculo para a conclusão da ferrovia, causando alta taxa de mortalidade e afastamento dos operários. Analisando as alternativas: A) Disputa entre Brasil e Peru para a construção e o controle da ferrovia - Não foi uma dificuldade relevante nesse contexto. B) Fortes abalos sísmicos que atingiam a região no período da construção - Não há registros significativos de abalos sísmicos que tenham impactado a obra. C) Proibição pelo governo federal devido à falência do Estado de Rondônia - Não é uma dificuldade reconhecida na construção da ferrovia. D) Dificuldades para não atingir as principais unidades de conservação ambiental - Essa questão não era uma preocupação na época da construção. E) Incidência das chamadas doenças tropicais que atingiram significativa parte dos trabalhadores - Esta é a dificuldade mais reconhecida e impactante. Portanto, a alternativa correta é: E) Incidência das chamadas doenças tropicais que atingiram significativa parte dos trabalhadores.