Vamos analisar cada item: I - Biogeoquímica de ecossistemas aquáticos. Verdadeiro, essa é uma linha de pesquisa relevante dentro da ecologia, pois estuda os ciclos de nutrientes e a dinâmica dos ecossistemas aquáticos. II - Identificação de rochas. Falso, essa linha de pesquisa está mais relacionada à geologia do que à ecologia e recursos naturais. III - Contaminação ambiental. Verdadeiro, essa é uma linha de pesquisa importante que se relaciona diretamente com a ecologia, pois envolve o estudo dos impactos de poluentes nos ecossistemas. Portanto, os itens verdadeiros são I e III. A alternativa correta que contém todos os itens verdadeiros é: I e III.