Se após a morte da mãe, o pai ficar com a criança, de acordo com a LC 146, a garantia do contrato emprego se estende a ele??

Não, no caso de estabilidade maternidade trata-se de direito personalissimo, somente a mãe teria direito. 

Exatamente. Mas essa garantia só se dá durante o período em que a mãe estaria também garantida, ou seja:

(...) desde a confirmação da gravidez até cinco meses após o parto.   

Inclusive essa garantia da Lei Complementar nº 146 é não somente para o pai, mas para aquele que detiver a guarda do filho, seja ele quem for.