Como saber qual a melhor metodologia de pesquisa usar quando for realizar alguma pesquisa?

Vai depender do seu objetivo de pesquisa, onde quer chegar com o seu estudo. Dá uma lida no livro de Antonio Carlos Gil sobre Como elaborar projetos de pesquisa. Acho que vai lhe ajudar bastante.

Depende do obejto de estudo, a amostragem e o objetivo da pesquisa, se tu detalhar um pouco mais o que tu pretende fazer talvez eu possa te ajudar de forma mais atenta.

Acredito que as referências devam clarear a tua dúvida. A metodologia aplicada, independentemente se é uma pesquisa quantitativa e/ou qualitativa, pode variar. A literatura vai te apresentar algumas alternativas, então tu deve escolher alguma de acordo com a tua pesquisa. A que for mais adequada é a melhor.