O uso de microorganismos anaeróbicos no tratamento de águas residuais tem como finalidade principal a degradação de matéria orgânica presente no esgoto. Esses microorganismos realizam a digestão anaeróbica, que transforma a matéria orgânica em biogás (principalmente metano) e em lodo, reduzindo a carga poluente da água. Esse processo é eficiente em ambientes sem oxigênio e é amplamente utilizado em sistemas de tratamento como reatores anaeróbicos e lagoas de estabilização.