Para escolher entre alinhamento global e local na análise de sequências biológicas, é importante considerar o contexto das sequências que estão sendo analisadas. - O alinhamento global é utilizado quando se deseja alinhar duas sequências ao longo de toda a sua extensão, sendo mais adequado quando as sequências são de comprimento similar e se espera uma alta similaridade em toda a sequência. - O alinhamento local, por outro lado, é mais apropriado quando se quer encontrar regiões de similaridade entre sequências que podem ser de tamanhos diferentes ou que têm apenas partes conservadas. Analisando as alternativas: A) O comprimento total do genoma das espécies analisadas - Isso não é um fator determinante para a escolha entre alinhamento global e local. B) A similaridade esperada ao longo de toda a extensão das sequências - Este é um fator importante, pois se espera alta similaridade, o alinhamento global é mais apropriado. C) A presença de domínios evolutivamente conservados em proteínas - Isso pode influenciar a escolha, mas não é o principal fator. D) O número de sequências disponíveis no banco de dados - Isso não é relevante para a escolha entre alinhamento global e local. E) A complexidade do algoritmo usado pelo programa de alinhamento - Embora a complexidade do algoritmo possa ser uma consideração, não é o fator principal na escolha do tipo de alinhamento. Portanto, a alternativa correta é: B) A similaridade esperada ao longo de toda a extensão das sequências.