Vamos analisar cada uma das alternativas para verificar se a frase permanece correta após o acréscimo das vírgulas, de acordo com a norma-padrão da língua portuguesa: (A) "Mas terão de oferecer, a conexão contratada independentemente, do conteúdo acessado pelo internauta e não poderão vender pacotes restritos." - A vírgula antes de "a conexão" está incorreta, pois não se deve separar o sujeito do verbo. (B) "O conteúdo poderá ser acessado apenas, mediante, ordem judicial." - A vírgula antes de "mediante" está incorreta, pois não se deve separar o advérbio do complemento. (C) "O Marco Civil garante, a inviolabilidade e o sigilo, das comunicações." - A vírgula antes de "a inviolabilidade" está incorreta, pois não se deve separar o sujeito do predicado. (D) "Ressalte-se, ainda, que a exclusão de conteúdo só poderá ser ordenada pela Justiça." - Esta frase está correta, pois a vírgula antes de "ainda" é adequada para isolar o advérbio. (E) "As empresas de telecomunicações que fornecem acesso, poderão continuar vendendo, velocidades diferentes." - A vírgula antes de "poderão" está incorreta, pois não se deve separar o sujeito do verbo. Portanto, a alternativa que permanece correta após o acréscimo das vírgulas é: (D) Ressalte-se, ainda, que a exclusão de conteúdo só poderá ser ordenada pela Justiça.