Para identificar a alternativa incorreta sobre a documentação que uma farmácia de manipulação deve ter para garantir as boas práticas, vamos analisar cada uma das opções: A) Manual de boas práticas - Este é um documento essencial que deve estar presente em farmácias de manipulação para garantir que as normas e procedimentos sejam seguidos. B) Balancetes: Balanço de Substâncias Psicoativas e Outras Sujeitas a Controle Especial (BSPO) e relação mensal de notificação de receita A e B2 - Esses documentos são importantes para o controle de substâncias e devem ser mantidos. C) Cadastro Nacional de Pessoa Jurídica (CNPJ) - Este é um documento necessário para qualquer empresa, incluindo farmácias, mas não é específico para garantir boas práticas de manipulação. D) Certidão de regularidade profissional do Conselho Regional de Farmácia (CRF) - Este documento é importante para garantir que o farmacêutico responsável esteja regularizado, mas não é diretamente relacionado às boas práticas de manipulação. E) Projeto arquitetônico aprovado - Este documento é relevante para a estrutura da farmácia, mas não é uma documentação que garante diretamente as boas práticas de manipulação. Analisando as opções, a alternativa que não é especificamente necessária para garantir as boas práticas de manipulação é a C) Cadastro Nacional de Pessoa Jurídica (CNPJ). Portanto, a alternativa incorreta é a C.