Para determinar a competência jurisdicional em relação a crimes praticados em embarcações nas águas territoriais brasileiras, é importante considerar a legislação pertinente, especialmente o Código de Processo Penal (CPP) e as normas sobre a territorialidade. Analisando as alternativas: A) O Superior Tribunal de Justiça - Este tribunal não é o competente para julgar crimes em primeira instância, mas sim para recursos e questões de direito. B) O Supremo Tribunal Federal - Também não é o competente para julgar crimes em primeira instância, mas sim questões constitucionais. C) O Tribunal de Justiça da capital brasileira - Embora possa ter competência em alguns casos, não é a resposta mais precisa para crimes em embarcações. D) O do estado mais próximo do local em que se encontrava a embarcação no instante do cometimento do crime - Esta alternativa é uma possibilidade, pois a competência pode ser fixada com base na localização do crime. E) O do porto brasileiro em que a embarcação tocar por primeiro após a ocorrência do crime - Esta alternativa também é válida, pois a competência pode ser fixada pelo local onde a embarcação chega após o crime. Diante das opções, a alternativa que melhor se alinha com a legislação e a prática é a E) O do porto brasileiro em que a embarcação tocar por primeiro após a ocorrência do crime.