Para responder a essa questão, precisamos considerar a Lei Complementar 140/2011 e o Decreto 8437/2015, que tratam da competência dos órgãos ambientais no Brasil, especialmente em casos que envolvem empreendimentos que afetam mais de um estado ou que estão localizados em áreas limítrofes. Analisando as alternativas: A) IBAMA - O IBAMA é o órgão federal, mas a competência para licenciamento em áreas limítrofes pode não ser exclusivamente dele. B) O órgão ambiental municipal do município fronteiriço onde está a sede administrativa - Essa opção pode ser válida, mas não necessariamente é a única responsável. C) A secretaria municipal de meio ambiente do município com maior impacto ambiental - Essa opção também pode ser considerada, mas não é a mais adequada para um projeto que envolve mais de um estado. D) O órgão ambiental estadual onde se localiza a maior parte das instalações da empresa - Essa é uma possibilidade, mas não abrange a totalidade do projeto que opera em território de dois estados. E) Ambos os órgãos estaduais dos estados envolvidos, em processo conjunto de licenciamento - Esta opção é a mais correta, pois a Lei Complementar 140/2011 prevê que, em casos de empreendimentos que afetam mais de um estado, os órgãos estaduais devem atuar em conjunto. Portanto, a alternativa correta é: E) ambos os órgãos estaduais dos estados envolvidos, em processo conjunto de licenciamento.