Área 1: Estende-se da Boca da Barra da Praia do Forte, em Cabo Frio, até a Ponte Wilson Mendes, em Arraial do Cabo. Área 2: Vai desde a Ponte Wilson Mendes até o Boqueirão, em São Pedro da Aldeia. Esta é considerada a pior área da laguna, concentrando os maiores índices de poluição. Área 3: Estende-se do Boqueirão, em São Pedro da Aldeia, até a Praia Seca, em Araruama, banhando também Arraial do Cabo, Iguaba Grande e uma pequena parte de Saquarema.