Para identificar a frase em que o verbo "ser" está empregado no pretérito mais que perfeito do modo indicativo, precisamos procurar a forma verbal que termina em "-ra". Analisando as opções: a) "Quando cheguei, ele já se fora, muito zangado." - Aqui, "fora" é a forma do verbo "ir" no pretérito mais que perfeito, mas não é o verbo "ser". b) "Se não fosse ele, tudo estaria perdido." - "Fosse" é a forma do verbo "ser" no pretérito imperfeito do subjuntivo, não no mais que perfeito. c) "Bem depois se soube que não fora ele o culpado." - "Fora" é a forma do verbo "ser" no pretérito mais que perfeito, terminando em "-ra". d) "Não seria o caso de você se acusar?" - "Seria" é a forma do verbo "ser" no futuro do pretérito, não no mais que perfeito. Portanto, a opção correta é: c) "Bem depois se soube que não fora ele o culpado."